การเก็บรักษาเชื้อพันธุกรรมอ้อยในสภาพปลอดเชื้อ สามารถกระทำได้โดยใช้เทคนิค somatic embryogenesis. somatic embryo สามารถชักนำได้โดยนำช่อดอกอ่อนมาเลี้ยงบนอาหารชักนำให้เกิดแคลลัส ประกอบด้วยอาหาร  MS ที่เติม 2,4-dichlorophenoxy aceticacid (2,4-D) ความเข้มข้น 10-15 µM,  น้ำมะพร้าว 50 ml/l, casein hydrolysate 500 mg/l และน้ำตาลซูโครส  6 % (w/v) จากนั้นเพิ่มปริมาณแคลลัสบนอาหารสูตรเดิมแต่ลดความเข้มข้นของ 2,4- D เหลือ 5 µM  แคลลัสที่ได้สามารถชักนำให้พัฒนาเป็นต้นอ่อนบนอาหาร MS ที่เติมปุ๋ยใบกล้วยไม้สูตร 21-21-21 อัตรา 0.5 gm/l และน้ำตาลซูโครส 6 % (w/v)  การเก็บรักษาเชื้อพันธุกรรมอ้อยในระยะกลาง (medium-term conservation) ทำได้โดยนำต้นอ้อยที่เกิดจากกระบวนการ somatic embryogenesis มาเลี้ยงบนอาหาร MS  ที่มีปุ๋ยใบกล้วยไม้สูตร 21-21-21 อัตรา  0.5 gm/l และน้ำตาลซูโครส  6 % (w/v) และเติม mannitol 1-2 % (w/v) โดยสามารถเก็บรักษาโดยการชะลอการเจริญเติบโตได้นาน 6 เดือนโดยไม่เปลี่ยนอาหารและคงความมีชีวิตอยู่ การเก็บรักษาเชื้อพันธุกรรมอ้อยในระยะยาว (long-term conservation) สามารถทำได้โดยนำ somatic embryo ระยะเริ่มต้นมาทำการ pre-culture ด้วยน้ำตาลซูโครส 48 ชั่วโมง ตามด้วยการ loading ใน loading solution ที่ประกอบด้วยอาหาร MS ที่เติมน้ำตาลซูโครส 0.5 M  และ glycerol 2 M  เป็นเวลา 30 นาที  การใช้ PVS3 และ  PVS3 variants สามารถเก็บรักษาเซลล์อ้อยได้ผลดี โดยมีเปอร์เซ็นต์การอยู่รอด (survival percentage) และเปอร์เซ็นต์การพัฒนาเป็นต้นอ่อน (regeneration percentage) สูงกว่าการใช้ PVS2