การศึกษาปริมาณออคราทอกซิน เอ ในแหล่งปลูกโกโก้ต่างๆ  เพื่อให้ทราบถึงปริมาณสารพิษจากเชื้อราที่ปนเปื้อนในเมล็ดโกโก้ และมาตรการในการลดการปนเปื้อนของเชื้อรา โดยการสำรวจเก็บตัวอย่างเมล็ดโกโก้แห้งจากแปลงเกษตรกร จุดรับซื้อ ในพื้นที่ จ.ชุมพร  นครศรีธรรมราช  ประจวบคีรีขันธ์  จันทบุรี และงานวิจัยของศูนย์วิจัยพืชสวนชุมพรตั้งแต่ปี 2555-2557 รวมทั้งหมด 51 ตัวอย่างมาหาความชื้นของเมล็ดโกโก้เฉลี่ย 8.6% ซึ่งมาตรฐานความชื้นของเมล็ดโกโก้อยู่ระหว่าง  7% และวิเคราะห์ชนิดของเชื้อราด้วยวิธี Direct plate พบเชื้อรา A. ochraceus ที่ก่อให้เกิดการสร้างสารพิษ Ochratoxin A เฉลี่ย 1.22% มีค่าปริมาณสารพิษ 1.33 µg/kg และในปี 2556 พบปริมาณสารพิษจากเชื้อรา 0.88 µg/kg ซึ่งไม่เกินมาตรฐานกำหนด (มาตรฐาน 5 µg/kg ) นอกจากนั้นพบเชื้อรา A. flavus  ที่สร้างสารพิษ Aflatoxin เกือบทุกตัวอย่างเฉลี่ย 20.17% และ Pennicillium 12.93% ที่เหลือเป็นเชื้อรา Aspergillus sp. และ Mycelium สาเหตุเกิดจากขั้นตอนการแปรรูปหลังการเก็บเกี่ยว และการเก็บรักษา นอกจากนั้นปัจจัยด้านสภาพแวดล้อมเช่น ความชื้น อุณหภูมิ เป็นตัวการสำคัญที่ส่งเสริมให้เกิดการปนเปื้อนของเชื้อราและสารพิษจากเชื้อรา การปฏิบัติที่ถูกต้องเป็นมาตรการลดการปนเปื้อนของเชื้อราได้เป็นอย่างดี ย่อมส่งผลต่อคุณภาพของเมล็ดโกโก้เช่นกัน