กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2551 ตามคำสั่งกรมวิชาการเกษตร ที่ 1077/2551 ลงวันที่ 11 กรกฏาคม 2551 เรื่อง ตั้งสำนักพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช และได้มีการก่อตั้งใหม่ ตามกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตรกระทรวงเกษตรและสหกรณ์พ.ศ. 2557 เป็น กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช เมื่อปี พ.ศ. 2557
