ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรปราจีนบุรี จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน 2539 เป็นหน่วยงานภายใต้สังกัด สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 6 กรมวิชาการเกษตร ชื่อเดิม คือ สถานีทดลองพืชไร่ปราจีนบุรี สังกัด ศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง สถาบันวิจัยพืชไร่ กรมวิชาการเกษตร ต่อมาในปี พ.ศ.2546 ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างภายในกรมวิชาการเกษตร ได้เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์บริการวิชาการด้านพืชและปัจจัยการผลิตปราจีนบุรี สังกัด สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 6 กรมวิชาการเกษตร และในปี พ.ศ.2552 ได้มีการปรับปรุงหน่วยงานและระบบงานภายในกรมวิชาการเกษตรอีกครั้ง จึงเปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรปราจีนบุรี มาจนถึงปัจจุบัน
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรปราจีนบุรี
ศวพ.ปราจีนบุรี
