ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรจังหวัดปราจีนบุรี มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
1. วิจัย พัฒนา และทดสอบพืช/เทคโนโลยีการเกษตรที่เหมาะสมกับสภาพพื้นที่ วิจัยทดสอบพืชสาขาวิชาตามแผนงาน/โครงการวิจัยของกรมวิชาการเกษตร
2. ให้บริการวิชาการด้านพืชและปัจจัยการผลิตในพื้นที่รับผิดชอบ 2 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดปราจีนบุรี และจังหวัดสระแก้ว ให้แก่ เกษตรกร ภาคเอกชน และเจ้าหน้าที่หน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง
3. ผลิต/ขยายเมล็ดพันธุ์หรือท่อนพันธุ์พืช และกระจายพันธุ์