ค่าความไม่แน่นอนของการวิเคราะห์ เกิดขึ้นได้ในแต่ละขั้นตอนของการวิเคราะห์ ซึ่งมีค่ามากหรือน้อยต่างกันในแต่ละห้องปฏิบัติการ ขึ้นอยู่กับวิธีวิเคราะห์ ความละเอียดหรือความสามารถของเครื่องมือที่ใช้ สภาวะแวดล้อมของการวิเคราะห์ รวมไปถึงความสามารถของผู้วิเคราะห์ด้วย ดังนั้น ค่าความไม่แน่นอนจึงเป็นสิ่งที่บ่งบอกถึงคุณภาพของผลการวิเคราะห์ ว่ามีความน่าเชื่อถือมากน้อยเพียงใด โดยการประเมินค่าความไม่แน่นอน มีวิธีการคำนวณได้หลายแบบ แต่วิธีที่เป็นที่นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเป็นแบบ Bottom-up approach ซึ่งขั้นตอนที่สำคัญของการประเมินค่าความไม่แน่นอนแบบ Bottom- คือ การพิจารณา และรวบรวมแหล่งของค่าความไม่แน่นอนที่เกิดขึ้นให้ครอบคลุมทุกขั้นตอนของการวิเคราะห์ ซึ่งมีรายละเอียด ขั้นตอน และการคำนวณที่ค่อนข้างยุ่งยาก ซับซ้อน ดังนั้น คณะผู้จัดทำจึงได้จัดทำโปรแกรมการคำนวณอย่างง่ายแบบสำเร็จรูป และคู่มือสำหรับการใช้โปรแกรมประเมินค่าความไม่แน่นอนของการวิเคราะห์ไนโตรเจนทั้งหมด ฟอสฟอรัสทั้งหมด (รายงานในรูป P2O5) และโพแทสเซียมที่ละลายน้ำ (รายงานในรูป K2O) ในปุ๋ยเคมี ตามแนวทางการประเมิน ค่าความไม่แน่นอนในการวัดแบบ Bottom-up approach โดยมีการอธิบายในแต่ละขั้นตอนการคำนวณ และที่มาของตัวเลขที่ใช้ในการคำนวณอย่างละเอียด และชัดเจน ตั้งแต่เริ่มต้นกระบวนการวิเคราะห์จนถึงการรายงานผล ที่ระดับความเชื่อมั่น 95% (เลี้ยงสัตว์ ข้าวโพดฝักสด และพืชตระกูลถั่ว)