การพัฒนาและคัดเลือกเครื่องหมายโมเลกุล SSR บนลำดับนิวโคลีโอไทด์ของอ้อยป่า E. arundinac

[doa]

การพัฒนาและคัดเลือกเครื่องหมายโมเลกุล SSR บนลำดับนิวโคลีโอไทด์ของอ้อยป่า Erianthus arundinaceus
วีรกรณ์ แสงไสย์, เบญจวรรณ รัตวัตร, ศุภรัตน์ ศรีทะวงษ์, ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล และอัมราวรรณ ทิพยวัฒน์

          การพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล SSR จากข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของอ้อยป่า E. arundinaceus ด้วยเทคโนโลยีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ยุคใหม่ next generation sequencing (NGS) ได้นาลำดับ นิวคลีโอไทด์ของอ้อยป่าจากญี่ปุ่น 2 หมายเลข และอินโดนีเชีย 1 หมายเลข พบจำนวน read (เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์สายสั้นๆ) และตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ทับซ้อนกัน (contig) ใช้เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์อ้างอิง เพื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ในแต่ละจีโนไทป์ บริเวณที่เป็นเครื่องหมายโมเลกุล SSR โดยใช้ออกแบบไพร์เมอร์จำนวนทั้งหมด 2,500 คู่ ข้อมูลทั้งหมด 672 ตำแหน่ง เพื่อใช้ในการคัดเลือกสำหรับสังเคราะห์ไพร์เมอร์ จากนั้นเลือกไพรเมอร์ 344 คู่ เพื่อใช้ประเมินสำหรับการเพิ่มปริมาณและตรวจสอบความแตกต่างของขนาดดีเอ็นเอของอ้อยป่า E. arundinaceus ในประเทศไทย โดยมีบางคู่ไพร์เมอร์ของยีน SSR จาก E. arundinaceus ถูกใช้ในการคัดเลือกอ้อยในกลุ่ม Saccharum และ Miscanthus