SecA เครื่องหมายโมเลกุลใหม่ในการตรวจโรคใบขาวของอ้อยที่แม่นยำสูง

[doa]

SecA เครื่องหมายโมเลกุลใหม่ในการตรวจโรคใบขาวของอ้อยที่แม่นยำสูง
ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล, ธีรวุฒิ วงศ์วรัตน์, สุรศักดิ์ แสนโคตร, ทักษิณา ศันสยะวิชัย และสุนี ศรีสิงห์
ศูนย์วิจัยพืชไร่ขอนแก่น และศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรสุพรรณบุรี

          โรคใบขาวของอ้อยเป็นปัญหาสำคัญมากในการปลูกอ้อย เกิดจากเชื้อไฟโตพลาสมาและยังไม่มีวิธีการกำจัดเชื้อนี้อย่างได้ผล แม้แมลงจะเป็นพาหะในการถ่ายเชื้อ แต่การแพร่กระจายอย่างรวดเร็วเกิดจากการใช้ท่อนพันธุ์ติดเชื้อ การใช้ท่อนพันธุ์สะอาดหรือต้นจากการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเป็นส่วนหนึ่งของการจัดการโรคนี้ที่ได้ผลดี ดังนั้นวิธีการตรวจโรคที่ดีจึงเป็นขั้นตอนสำคัญในการคัดพันธุ์สะอาดหรือปลอดเชื้อเพื่อขยายพันธุ์ การตรวจเชื้อไฟโตพลาสมาโดยทั่วไปใช้เทคนิค nested PCR ที่ตรวจเชื้อในตำแหน่ง 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) นับเป็นวิธีที่มีความไวสูง แต่ต้องใช้เวลาและค่าใช้จ่ายมากเพราะใช้ปฏิกิริยาพีซีอาร์สองครั้ง และมักมีปัญหาผลบวกปลอมจากการปนเปื้อนและความไม่จำเพาะของไพร์เมอร์ ทำให้แปลผลยาก รายงานนี้เป็นรายงานแรกที่มีการนำ secA gene มาพัฒนาเป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่มีความจำเพาะกับโรคใบขาวในอ้อย สำหรับตรวจคัดกรองโรค มีประสิทธิภาพดีกว่าวิธีการเดิมที่ใช้อยู่ ใช้เวลาตรวจเร็วกว่า และให้ข้อมูลได้มากกว่า โดยพัฒนาไพร์เมอร์ให้จำเพาะกับเชื้อไฟโตพลาสมาสาเหตุโรคใบขาวในอ้อยเท่านั้น ขนาดชิ้นดีเอ็นเอที่ได้ประมาณ 275 bp ใช้สภาวะในการตรวจชนิด direct-PCR จึงลดปัญหาผลบวกปลอม ความเข้มแสงของแถบดีเอ็นเอที่ได้สามารถใช้ระบุระดับปริมาณเชื้ออย่างคร่าวๆ ได้ การตรวจพิสูจน์ความถูกต้องของวิธีการด้วย genotyping และลำดับเบส พบว่าวิธีการนีมีความจำเพาะสูงกว่าวิธี nested-PCR โดยไม่ตรวจจับเชื้อไฟโตพลาสมาในพืชอื่นรวมทั้งแบคทีเรีย มีความไวในการตรวจดีเอ็นเอเป้าหมายดีกว่าตำแหน่ง 700 bp ของวิธี nested-PCR โดยได้ประมาณ 10-7 นาโนกรัม/ไมโครลิตร แต่น้อยกว่าตำแหน่ง 200 bp มีความสามารถในการจำแนกความแตกต่างระหว่างเชื้อไฟโตพลาสมาโรคใบขาว ใบขาวกอฝอย และกอตะไคร้ด้วยการวิเคราะห์ลำดับเบสได้สูงกว่า โดยพบเบสที่แตกต่างกันตั้งแต่ 3-31 เบส ซึ่งตำแหน่ง ISR มีความแตกต่างกันเพียง 1-4 เบสเท่านั้น แม้จะมีความไวต่ำกว่าวิธี nested-PCR เล็กน้อย แต่สามารถเพิ่มความไวให้สูงขึ้นได้ด้วยทำปฏิกิริยาพีซีอาร์สองครั้ง วิธีใหม่นี้เหมาะสำหรับการนำไปใช้ตรวจพิสูจน์โรคใบขาวของอ้อย และการจำแนกความแตกต่างของเชื้อไฟโตพลาสมาชนิดนี้ ผลจากการพัฒนานี้ทำให้สามารถตรวจพบลำดับเบส secA gene ของเชื้อใบขาว และกอตะไคร้ได้เป็นครั้งแรก