ผลการรวบรวมข้อมูลศัตรูพืชของพริกที่พบในไทยและสาธารณรัฐอินโดนีเซียพบศัตรูพืชรวม 144 ชนิด สามารถจัดลำดับศัตรูพืชได้ดังนี้ คือ ไร 5 ชนิด แมลง 62 ชนิด แบคทีเรีย 12 ชนิด รา 30 ชนิด ไวรัส 13 ชนิด ไส้เดือนฝอย 7 ชนิด วัชพืช 14 ชนิด และสัตวฟันแทะ 1 ชนิด โดยพบศัตรูพืชที่มีในสาธารณรัฐอินโดนีเซียจำนวน 121 ชนิด เป็นไร 4 ชนิด แมลง 54 ชนิด รา 20 ชนิด แบคทีเรีย 9 ชนิด ไวรัส 12 ชนิด ไส้เดือนฝอย 7 ชนิด วัชพืช 14 ชนิด และสัตว์ฟันแทะ 1 ชนิด ทำการจัดลำดับศัตรูพืชของพริกที่จะวิเคราะห์ (Pest categorization) พบว่ามีศัตรูพืชกักกันที่มีโอกาสติดมากับเมล็ดพันธุ์พริกนำเข้าจากสาธารณรัฐอินโดนีเซีย ได้แก่ แบคทีเรีย Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Pseudomonas marginalis pv. marginalis เชื้อรา Chalara elegans และไวรัส Tobacco ringspot virus, Pepper yellow leaf curl Indonesia virus ซึ่งศัตรูพืชมีโอกาสติดเข้ามากับเมล็ดพันธุ์พริกนำเข้าจากสาธารณรัฐอินโดนีเซียโดยการปนเปื้อนเข้ามากับเมล็ดพันธุ์ที่นำเข้าเชื้อสาเหตุโรคบางชนิดไม่ทำให้เมล็ดพันธุ์พืชแสดงอาการผิดปกติจึงไม่สามารถสังเกตลักษณะการอาการผิดปกติจากภายนอกได้ด้วยตาเปล่า นอกจากนี้ยังมีโอกาสที่จะเจริญและแพร่ระบาดได้ในประเทศไทยเนื่องจากปัจจัยทางด้านภูมิอากาศที่เหมาะสมและใกล้เคียงกับประเทศต้นทาง ทั้งยังมีพืชอาศัยหลายชนิดที่เป็นพืชเศรษฐกิจของไทย ซึ่งอาจก่อให้เกิดผลกระทบต่อผลิตผลทางการเกษตรรวมทั้งการส่งออกพืชผักไปยังประเทศที่ไม่มีการระบาดของเชื้อสาเหตุโรคเหล่านี้

      จากผลการประเมินความเสี่ยงศัตรูพืชของเมล็ดพันธุ์พริกนำเข้าจากสาธารณรัฐอินโดนีเซียจำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องมีการกำหนดมาตรการทางสุขอนามัยพืช เนื่องจากมีศัตรูพืชกักกันหลายชนิดที่เป็นศัตรูพืชร้ายแรงและมีความเสี่ยงสูงซึ่งมีโอกาสติดเข้ามากับเมล็ดพันธุพริกนำเข้าจากสาธารณรัฐอินโดนีเซียเข้ามาแพร่ระบาดในประเทศไทยได้ โดยจะต้องดำเนินการกำหนดมาตรการจัดการความเสี่ยงศัตรูพืชของเมล็ดพันธุ์พริกนำเข้าต่อไป