กรมวิชาการเกษตรได้พิจารณาเห็นว่าการผลิตเมล็ดพันธุ์เพื่อการส่งออกเป็นเรื่องที่มีความสำคัญมาก ซึ่งนอกจากนำเงินตราเข้าประเทศได้ปีละนับหลายร้อยล้านบาทแล้ว ยังเป็นประโยชน์โดยตรงต่อเกษตรกร ในแง่การเพิ่มรายได้ให้แก่เกษตรกรหลังจากทำนาปี อีกทั้งยังเป็นการสนับสนุนความต้องการของภาคเอกชนในการผลิตเมล็ดพันธุ์เพื่อการส่งออก กรมฯจึงได้มอบหมายให้กลุ่มวิจัยการกักกันพืช สำนักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช เป็นผู้รับผิดชอบจัดทำโครงการตรวจสอบและรับรองการปลอดศัตรูพืช สำหรับการผลิตเมล็ดพันธุ์เพื่อการส่งออก โดยกำหนดขั้นตอนการดำเนินงานไว้ 5 ขั้นตอน คือ ตรวจสอบโรคและศัตรูพืชกับเมล็ดพันธุ์พ่อ-แม่ที่นำเข้าจากต่างประเทศเพื่อการผลิตเมล็ดพันธุ์ลูกผสมในไทย กำหนดการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืช ดำเนินการตรวจสอบโรคและศัตรูพืชในช่วงที่มีการเจริญเติบโตในแปลงปลูก 2 ระยะ คือ ระยะตอนดอกผสมเกสรและระยะโตเต็มที่ก่อนเก็บเกี่ยว ตรวจสอบโรคและศัตรูพืชกับเมล็ดพันธุ์หลังการเก็บเกี่ยว และการจัดทำรายงานเพื่อการออกใบรับรองสุขอนามัยพืชที่ระบุข้อความพิเศษ (Additional Declaration) ตามเงื่อนไขของประเทศผู้ซื้อ ซึ่งในการดำเนินงานดังกล่าว บริษัทผลิตเมล็ดพันธุ์จะต้องยื่นความจำนงค์ต่อกรมวิชาการเกษตร และร่วมประชุมปรึกษาหารือกับเจ้าหน้าที่กักกันพืช เพื่อรับทราบแนวปฏิบัติและวางแผนกาารตรวจสอบโรคและศัตรูพืชในแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์ ซึ่งในฤดูการผลิตปี 2552/53 ที่ผ่านมาได้มีบริษัทผลิตเมล็ดพันธุ์ยื่นความจำนงขอเข้าร่วมโครงการทั้งสิ้นจำนวน 14 บริษัท โดยขอให้ตรวจรับรองการปลอดศัตรูพืชที่สำคัญบางชนิดในช่วงที่มีพืชเจริญเติบโตในแปลงปลูกเพื่อรับรองการปลอดศัตรูพืชจำนวน 146 ชนิด ให้กับเมล็ดพันธุ์พืชผัก 8 ชนิด ได้แก่ มะเขือเทศ พริกหวาน/พริกเผ็ด มะเขือม่วง แตงโม เมลอน/แคนตาลูป/แตงเทศ แตงกวา สคว๊อช/ฟักทองและพืชไร่ 1 ชนิด ได้แก่ ข้าวโพด ในขั้นตอนการตรวจสอบเชื้อโรคและศัตรูพืชกับเมล็ดพันธุ์พ่อ-แม่ที่นำเข้าจากต่างประเทศ 10 ประเทศ จำนวน 1,620 สายพันธุ์ ผลการตรวจไม่พบเชื้อโรคศัตรุพืชที่สำคัญทางกักกันพืช และได้ดำเนินการตรวจสอบโรคและแมลงศัตรูพืชในแปลง ได้มีเกษตรกรเข้าร่วมโครงการทั้งสิ้นจำนวน 5,476 ราย (ครอบครัว) ทำการผลิตเมล็ดพันธุ์ในท้องที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ภาคเหนือ และภาคกลางรวม 27 จังหวัด ได้แก่ ขอนแก่น มหาสารคาม นครราชสีมา กาฬสินธุ์ อุดรธานี หนองบัวลำภู สกลนคร อำนาจเจริญ มุกดาหาร ร้อยเอ็ด ชัยภูมิ เพชรบูรณ์ เลย อุบลราชธานี ลำปาง เชียงใหม่ แพร่ ตาก ลำพูน เชียงราย อุตรดิตถ์ พิษณุโลก ลพบุรี สุพรรณบุรี นครสวรรค์ และราชบุรี มีพื้นที่ผลิตทั้งสิ้นประมาณ 8,970 ไร่ สามารถให้การรับรองการปลอดโรคและศัตรูพืชกับผลผลิต 1,751.80 ตัน ส่งออกไปจำหน่ายยังต่างประเทศ 23 ประเทศ ได้แก่ ออสเตรเลีย ออสเตรีย สาธารณรัฐประชาชนจีน ฝรั่งเศส เยอรมันนี อิตาลี อิสราเอล เนเธอร์แลนด์ สเปน อาฟริกาใต้ เกาหลีใต้ ไต้หวัน สหรับอเมริกา อินเดีย อาร์เจนติน่า ญี่ปุ่น ชิลี เคนยา โมแซมบิค เปรู ศรีลังกา เวียดนาม และซิมบับเว มูลค่าการส่งออกประมาณ 400 ล้านบาท ในการดำเนินงานดังกล่าวได้ตรวจพบเชื้อโรคที่ต้องการให้รับรองในแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์ของเกษตรและได้ทำการยกเลิกแปลงปลูกของเกษตรกรจำนวน 80 ราย ได้แก่ โรคที่เกิดเชื้อ Pseudomonas (Ralstonia) solanacearum, Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, Cucumber mosaic virus, Acidovorax avenae subsp. sitrulli และ Mycosphaerella melonis (Didymella bryoniae) ซึ่งผลจากการดำเนินงานของโครงการฯ นอกจากสามารถนำเงินตราเข้าประเทศแล้วยังเป็นประโยชน์โดยตรงต่อเกษตรกรโดยทำให้เกษตรกรมีรายได้เสริมเพิ่มขึ้นจากการทำนาปี โดยเฉลี่ยครอบครัวละ 70,000 บาทต่อปี และยังเป็นการพัฒนาคุณภาพของเมล็ดพันธุ์ที่ส่งออกไปจำหน่ายยังต่างประเทศให้มีคุณภาพสูงปราศจากโรคและศัตรูพืชที่ร้ายแรงสามารถแข่งขันกับประเทศผู้ผลิตเมล็ดพันธุ์รายอื่นในตลาดโลกได้