กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืชมีภารกิจในการศึกษาวิจัย ค้นคว้าและพัฒนาระบบการตรวจสอบรับรองมาตรฐานคุณภาพสินค้าพืชและผลิตภัณฑ์ ให้บริการตรวจสอบและรับรอง การผลิตพืชและผลิตภัณฑ์ การตรวจวิเคราะห์และการออกใบรับรองสุขอนามัยเพื่อรับรองคุณภาพสินค้าพืชและผลิตภัณฑ์เพื่อการส่งออก งานด้านกฎระเบียบการค้าระหว่างประเทศ งานด้านการประสานงานและเจรจาแก้ปัญหาการจัดทำข้อตกลงด้านการค้าระหว่างประเทศ และปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง