โรคเมล็ดสีม่วงเกิดจากเชื้อ Cercospora kikuchii เป็นโรคที่สำคัญที่ทำให้เมล็ดพันธุ์ถั่วเหลืองเสื่อมคุณภาพ ในปัจจุบันประเทศไทยยังไม่มีพันธุ์ที่ต้านทานต่อโรคนี้ ดังนั้นงานวิจัยนี้จึงได้รวบรวมเมล็ด ถั่วเหลืองสายพันธุ์ต่างๆ จากแหล่งเก็บเชื้อพันธุกรรมศูนย์วิจัยพืชไร่เชียงใหม่ และ USDA ของสหรัฐอเมริกา ได้มาจานวน 500 สายพันธุ์ เพื่อนำมาประเมินลักษณะความต้านทานต่อโรคเมล็ดสีม่วงในสภาพโรงเรือนเปิดพบว่า สายพันธุ์ที่มีระดับต้านทานต่อโรคเมล็ดสีม่วง (เปอร์เซ็นต์ infection<17 เปอร์เซ็นต์) ได้แก่ Van Kien, 78-W-110 และ PI 80837 สายพันธุ์ที่มีระดับต้านทานต่อโรคเมล็ดสีม่วงปานกลาง ได้แก่ G1045 Cha Kaori เมื่อนำมาสร้างประชากรที่มีการกระจายตัวได้ ทั้งหมด 4 คู่ผสม ได้แก่ เชียงใหม่ 60xVan Kien, เชียงใหม่ 60x78-w-110, เชียงใหม่ 60xG1045 Cha Kaori และเชียงใหม่ 60xPI 80837 และทำการการสืบค้นหาเครื่องหมายโมเลกุลบ่งชี้ลักษณะยีนต้านทานโรคเมล็ดสีม่วงในถั่วเหลืองเพื่อใช้เป็นเครื่องหมายช่วยในการคัดเลือกในการปรับปรุงพันธุ์พบว่า ได้เครื่องหมายโมเลกุลชนิดเอสเอสอาร์จานวน 17 เครื่องหมายที่อยู่บนโครโมโซมคู่ที่ 18 ซึ่งมียีนต้านทานโรคเมล็ดสีม่วง Rpss1