โครงการวิจัยและพัฒนาต้นแบบระบบการปลูกพืชตามมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในพื้นที่จังหวัดศรีสะเกษ ประกอบด้วย การจัดการดินปุ๋ยเพื่อการผลิตหน่อไม้ฝรั่งอินทรีย์ และการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการจัดการสมดุลธาตุอาหารในการผลิตหอมแดงในระบบอินทรีย์ มีวัตถุประสงค์เพื่อวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการผลิตหน่อไม้ฝรั่งและหอมแดงอินทรีย์ที่เหมาะสมกับพื้นที่จังหวัดศรีสะเกษ เนื่องจากยังไม่มีเทคโนโลยีที่แน่ชัดในการจัดการดินและปุ๋ยในการผลิตพืชอินทรีย์ดังกล่าว และเกษตรกรก็ยังขาดความรู้ โดยดำเนินการทดสอบในปี 2558 - 2560 ณ แปลงเกษตรกร อำเภอขุขันธ์ จังหวัดศรีสะเกษ สำหรับการผลิตหน่อไม้ฝรั่งอินทรีย์ ในอำเภอวังหิน พยุห์ และกันทรารมย์ สำหรับการผลิตหอมแดงอินทรีย์ แบ่งเป็น 2 กรรมวิธี คือ วิธีเกษตรกรที่ผลิตแบบอินทรีย์ กับวิธีทดสอบตามคำแนะนำการใช้ปุ๋ยกับพืชเศรษฐกิจของกรมวิชาการเกษตร ในการทดสอบการผลิตหน่อไม้ฝรั่งอินทรีย์ ได้ทำการปรับปรุงดินก่อนปลูกด้วยการหว่านปอเทืองแล้วทำการไถกลบเป็นปุ๋ยพืชสด พบว่าความยาวหน่อเฉลี่ยในกรรมวิธีเกษตรกร 26.95 เซนติเมตร และในกรรมวิธีทดสอบ 28.34 เซนติเมตร ในส่วนของเส้นผ่าศูนย์กลางหน่อเฉลี่ยในกรรมวิธีเกษตรกร 0.84 เซนติเมตร และในกรรมวิธีทดสอบ 0.85 เซนติเมตร ตามลำดับ ซึ่งเส้นผ่าศูนย์กลางอยู่ในเกณฑ์มาตรฐานตามความต้องการของตลาด ทั้งนี้ปริมาณปุ๋ยอินทรีย์เฉลี่ยในกรรมวิธีเกษตรกร 1,099 กิโลกรัมต่อไร่ และในกรรมวิธีทดสอบ ใช้ปุ๋ยอินทรีย์ 1,866 กิโลกรัมต่อไร่ ในส่วนของการทดสอบการผลิตหอมแดงอินทรีย์พบว่า ขนาดหัวเดี่ยวของกรรมวิธีทดสอบมีขนาด 2.85 เซนติเมตร กรรมวิธีเกษตรกรมีขนาด 2.95 เซนติเมตร ซึ่งคุณภาพอยู่ที่ขนาด 2 อยู่ในเกณฑ์มาตรฐานของ มกอช. ในด้านน้ำหนักผลผลิตสดและผลผลิตแห้งในวิธีเกษตรกรให้ผลผลิตมากกว่าวิธีทดสอบ คือ 4,203 กิโลกรัมต่อไร่ และ 2,760 กิโลกรัมต่อไร่ ตามลำดับ ในขณะที่กรรมวิธีทดสอบได้น้ำหนักผลผลิตสด 3,825 กิโลกรัมต่อไร่ และผลผลิตแห้ง 2,613 กิโลกรัมต่อไร่ ทั้งนี้จากการศึกษาพบว่า ต้นทุนส่วนใหญ่ของการผลิตหอมแดงอินทรีย์ คือ ค่าพันธุ์และปุ๋ยจึงควรให้เกษตรกรผลิตปุ๋ยอินทรีย์และพันธุ์หอมใช้เองเพื่อเป็นการลดต้นทุนการผลิต