จากการสำรวจและเก็บตัวอย่างโรคและแมลงศัตรูโกโก้ ในแปลงโกโก้ลูกผสมจำนวน 5 สายพันธุ์ ภายในศูนย์วิจัยพืชสวนชุมพร จังหวัดชุมพรประกอบด้วยสายพันธุ์ ICS 6, ICS 40, ICS 95, UF 676 และชุมพรลูกผสม 1 (Pa7 x Na32) ซึ่งขณะนี้ต้นโกโก้อายุประมาณ 4 ปี โดยทำการสำรวจทุกเดือน โดยเริ่มดำเนินการตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. 2554 ถึงกันยายน 2557 รวม 3 ปี พบว่า เกิดโรคผลเน่าดำ (Black Pod Rot) สร้างความเสียหายต่อผลผลิตประมาณ 5 เปอร์เซ็นต์ ของผลผลิตทั้งหมด เนื่องจากส่วนใหญ่จะเข้าทำลายเมื่อผลมีขนาดใหญ่แล้ว ไม่มีผลกระทบต่อเมล็ดภายใน พบระบาดมากในช่วงเดือนตุลาคม - พฤศจิกายน เนื่องจากแปลงมีสภาพอากาศชื้น จากการสำรวจ พบแมลงศัตรูโกโก้หลากหลายชนิด ได้แก่ แมลงในอันดับ Hemiptera 10 ชนิด อันดับ Coleoptera 8 ชนิด อันดับ Lepidoptera 5 ชนิด และอันดับ Orthopthera 2 ชนิด แต่ละชนิดจะมีลักษณะการเข้าทำลาย และสร้างความเสียหายให้แก่โกโก้แตกต่างกัน แมลงศัตรูโกโก้ที่สำคัญ ได้แก่ มวนยุงโกโก้ (Cocoa mired, Mosquito bug) เป็นแมลงศัตรูโกโก้ที่สำคัญที่สุด จากการสำรวจพบความเสียหายประมาณ 10 เปอร์เซ็นต์ ของผลผลิต อีก 30 เปอร์เซ็นต์ พบการเข้าทำลาย แต่เกิดความเสียหายเฉพาะบริเวณผิวผลเท่านั้น เมล็ดภายในสามารถนำไปหมักได้ พบระบาดมากในเดือนพฤษภาคม - พฤศจิกายน เนื่องจากมีฝนตกชุกสภาพแปลงมีความชื้นสูง ด้วงกัดกินใบ ที่สำคัญ 3 ชนิด คือ Astycus lateralis Fabricius,  Sepiomus sp. และ Platytrachelus paviei Marshall ทำความเสียหายมากในระยะที่โกโก้กำลังแตกใบอ่อน ระบาดมากในฤดูฝน ช่วงเดือนสิงหาคม - ตุลาคม พบการเข้าทำลายประมาณ 40 เปอร์เซ็นต์ของใบอ่อนที่แตกใหม่ จากการสำรวจหนอน พบหนอนปลอกมากที่สุด เข้าทำลายโดยการกัดกินใบเป็นรูๆ หากระบาดมากจะพบเป็นรูทั้งใบและจะทำให้ใบร่วงหล่นไป หนอนบุ้ง จะกัดกินใบและยอดอ่อน และหนอนร่านกินใบ แทะกินแต่ผิวใบ แต่พบในปริมาณน้อย นอกจากนี้ยังมี พวก Hemiptera คือ เพลี้ยกระโดดปีกหุบสีขาว (White moth cicada) เพลี้ยกระโดด (Planthoppers) เพลี้ยอ่อนสีดำ (Black aphid)  เพลี้ยแป้ง เพลี้ยแป้งสำลี (Icerya mealybug) จักจั่นเขา (Treehopper) จักจั่นเขาสกุล Tricentrus และเพลี้ยจักจั่นแดง (Red leafhopper) ดูดกินน้ำเลี้ยงจากส่วนต่างๆของโกโก้ แต่พบในปริมาณน้อย ไม่สร้างความเสียหายระดับเศรษฐกิจให้กับโกโก้