ปี 2554 - 2557 ปรับปรุงอัญชันพันธุ์ปลูกทั่วไป แบบคัดเลือกสายพันธุ์บริสุทธิ์ เพื่อให้ได้สายพันธุ์แท้ที่มีความคงตัวทางพันธุกรรม ในด้านผลผลิต ปริมาณแอนโธไซยานิน สีดอก และลักษณะกลีบดอก ปลูกคัดเลือกและเปรียบเทียบสายพันธุ์ในศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรพิจิตร จำแนกความแตกต่างทางพันธุกรรมในระดับดีเอ็นเอด้วยเทคนิคโมเลกุลเครื่องหมายที่ศูนย์วิจัยพืชไร่ขอนแก่น วิเคราะห์หาปริมาณแอนโธไซยานินที่คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ อัญชันดอกสีน้ำเงินที่ผ่านการคัดเลือก 4  สายพันธุ์ ได้แก่ สายพันธุ์ 7-1-16, 14-2-2, 18-2-5 และ 13 เปรียบเทียบกับพันธุ์ปลูกทั่วไปพบว่า สายพันธุ์ 14-2-2, 13 และ 18-2-5  ให้ปริมาณแอนโธไซยานินสูงสุด 74.7, 74.0 และ 72.5 มิลลิกรัมต่อน้ำหนักดอกสด 100 กรัม สูงกว่าพันธุ์ปลูกทั่วไป ร้อยละ 12, 11 และ 9  ตามลำดับ สายพันธุ์ 7-1-16 ให้ค่าเฉลี่ยผลผลิตดอกสดสูงสุด 1,639 กิโลกรัมต่อไร่ ไม่แตกต่างกันทางสถิติกับสายพันธุ์ 13 และพันธุ์ปลูกทั่วไป ซึ่งให้ผลผลิตดอกสดรองลงมา คือ 1,150 และ 1,144 กิโลกรัมต่อไร่ ตามลำดับ ทั้ง 4 สายพันธุ์ มีความใกล้ชิดทางพันธุกรรมร้อยละ 98 - 99  อัญชันทั้ง 4 สายพันธุ์ และพันธุ์ปลูกทั่วไป มีความแตกต่างกันทางสถิติของขนาดใบในใบประกอบที่มี 5 ใบย่อย และมีความแตกต่างกันของลักษณะกลีบดอก