โครงการเทคโนโลยีการผลิตมะเขือเทศ ดำเนินการที่ศูนย์วิจัยพืชสวนศรีสะเกษ ศูนย์วิจัยพืชสวนเชียงราย และศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรนครพนม ระหว่างเดือนตุลาคม 2554 ถึงเดือนกันยายน 2558 ระยะเวลาดำเนินการ 4 ปี มีวัตถุประสงค์เพื่อปรับปรุงพันธุ์รับประทานสดผลเล็กและผลใหญ่ สายพันธุ์แท้และพันธุ์ลูกผสม เพื่อได้ลักษณะที่ต้องการ ที่มีลักษณะทางการเกษตรที่ดี ผลผลิตสูง รสชาติดี ใช้บริโภคสด และใช้ประกอบอาหาร ทนทานโรค เหมาะสำหรับปลูกในฤดูฝน คุณภาพดี มีความแน่นเนื้อ มีสารสำคัญ อาทิ สารไลโคพีน เบต้าแคโรทีน และวิตามินซีสูง การปรับปรุงเขตกรรมและการจัดการผลิตเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ ลดต้นทุนการผลิต เพื่อให้ได้ผลผลิตมะเขือเทศที่มีคุณภาพในฤดูฝนที่เหมาะสม เพื่อการนำไปใช้ประโยชน์ต่อไป จากการสำรวจและจำแนกพันธุ์มะเขือเทศ สามารถแบ่งมะเขือเทศออกเป็น 5 กลุ่ม คือ กลุ่มเชอรี กลุ่มสีดา กลุ่มรับประทานสดผลใหญ่ กลุ่มแปรรูป และกลุ่มต้นตอ และจากการทดสอบสมรรถนะการรวมตัวเฉพาะ (Specific Combining Ability; SCA) ได้ 2 กลุ่ม คือ กลุ่มเชอรี ได้แก่ คู่ผสม 036-8 x041 036-8 x 396 186 x 002-6 362-1 x 041 และ 448 x 041 และกลุ่มแปรรูป ได้แก่ คู่ผสม 045 x 017-1 045-6X033-6-2 398X409, 402X398 และ 402 x 403 การคัดเลือกพันธุ์มะเขือเทศรับประทานสดผลเล็ก (สีดา) คัดได้ 5 รหัสพันธุ์ คือ 101-2-8-7-4-6 108-2-4(1)-2-2-2 108-8-3-1-6-2 156-1-3-2-4-1 และ 297-5-7-2-3-5 การทดสอบสายพันธุ์ลูกผสมมะเขือเทศรับประทานสดผลเล็กในแหล่งต่างๆ พบว่า คู่ผสม 448 X 041 และคู่ผสม 036-8 X 041 เหมาะสมต่อการปลูกในฤดูฝน การคัดเลือกพันธุ์มะเขือเทศรับประทานสดผลใหญ่ คัดได้ 5 รหัสพันธุ์ คือ 91-10-1-8-7-9 159-13-3-10-8-9 160-2-7-8-1-3 160-2-7-8-8-6 และ 160-5-3-3-7-8 การทดสอบสายพันธุ์ลูกผสมมะเขือเทศรับประทานสดผลใหญ่ในแหล่งต่างๆ พบว่า คู่ผสม 398X409 และ 403X402 เหมาะสมต่อการปลูกในฤดูฝน การคัดเลือกพันธุ์มะเขือเทศที่มีปริมาณเบต้าแคโรทีน และไลโคปีนสูง พบว่ารหัสพันธุ์ 126-1 และ 299 มีปริมาณเบต้าแคโรทีนสูง รหัสพันธุ์ 126-1 303 และ 337 มีปริมาณไลโคปีนสูง และรหัสพันธุ์ 126-1 มีทั้งปริมาณเบต้าโรทีน และไลโคปีนสูง การคัดเลือกพันธุ์มะเขือเทศต้านทานโรคเหี่ยวเขียวและการใช้เครื่องหมายโมเลกุลเพื่อคัดเลือกพันธุ์ต้านทาน จากมะเขือเทศที่มีสารเบต้าแคโรทีน และไลโคปีนสูง พบว่าทุกสายพันธุ์อํอนแอต่อเชื้อโรคเหี่ยวเขียว และนำรุ่นลูกที่เกิดจากการผสมตัวเองของต้นต้านทานมาทดสอบความต้านทานต่อโรคเหี่ยวเขียวพบว่า มะเขือเทศมีความต้านทานเพิ่มขึ้นอยูํในระดับเดียวกับพันธุ์ H7996 ซึ่งเป็นพันธุ์ต้านทาน การเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยเครื่อง PCR โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล SCAR สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอมะเขือเทศต้นต้านทานได้ 1 เครื่องหมาย โดยปรากฏแถบดีเอ็นเอขนาด 200 bp. จำนวน 13 ต้น การเปรียบเทียบความต้านทานโรคใบหงิกเหลืองในมะเขือเทศ (TYLCV) พบว่า พันธุ์ CLN 3078 C CLN 2071 D และพันธุ์พื้นเมืองภาคเหนือ มีความต้านทานต่อ TYLCV มากกว่าทุกสายพันธุ์ จากการทดสอบในสภาพแปลงปลูกในจังหวัดเชียงรายและจังหวัดศรีสะเกษพบว่า พันธุ์ CLN 3078 C มีความต้านทานต่อเชื้อ TYLCV ได้ดีกว่าทุกสายพันธุ์ และมะเขือเทศพันธุ์พื้นเมืองภาคเหนือ มีความสามารถต้านทานเชื้อไวรัสสาเหตุโรคใบหงิกเหลืองได้สูงในระดับหนึ่ง จากการศึกษาต้นตอที่เหมาะสมในการเพิ่มผลผลิตมะเขือเทศในฤดูฝนพบว่า การเสียบยอดมะเขือเทศผลเล็ก (มะเขือเทศ ศก.19) และมะเขือเทศผลใหญ่ (ลูกผสมพันธุ์การค้า) โดยใช้ต้นตอมะเขือเปราะคางกบ มะเขือขื่นกรอบ และมะเขือพวง มีเปอร์เซ็นต์การรอดตายสูง โดยมะเขือเทศผลเล็กพันธุ์ ศก.1 ศก.19 และมะเขือเทศพื้นเมือง ไม่เหมาะสมในการใช้เป็นต้นตอสำหรับมะเขือเทศผลใหญ่ การปลูกมะเขือเทศผลเล็กโดยการใช้ต้นตอจากมะเขือขื่นกรอบ ให้จำนวนผลต่อต้น น้ำหนักต่อต้น และน้ำหนักต่อไร่มากที่สุด การปลูกมะเขือเทศผลใหญ่โดยการใช้ต้นตอให้น้ำหนักผลผลิตต่อไร่ไม่แตกต่างกับการปลูกโดยไม่ใช้ต้นตอ มะเขือเปราะคางกบ และมะเขือขื่นกรอบ มีความเหมาะสมสำหรับใช้เป็นต้นตอ และแนะนำให้เกษตรกรผลิตเมล็ดพันธุ์ต้นตอเชิงพาณิชย์ได้ พันธุ์มะเขือเทศที่ได้จากการทดลองทั้งหมด จะได้นำมาใช้ในการพัฒนาพันธุ์มะเขือเทศตามกระบวนการปรับปรุงพันธุ์ต่อไป