การกำหนดมาตรการสุขอนามัยพืชที่เหมาะสมต้องดำเนินการศึกษาว่าพืชหรือผลิตผลพืชที่นำเข้านั้นมีโอกาสที่ศัตรูพืชกักกันจะติดมากับสินค้าได้หรือไม่ โดยใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์ประกอบเหตุผลในการกำหนดมาตรการ เพื่อป้องกันมิให้ศัตรูพืชร้ายแรงจากต่างประเทศเข้ามาและแพร่กระจายในประเทศไทย ซึ่งอาศัยกฎหมายในการควบคุมการนำเข้าพืชและผลิตผลพืช ซึ่งจากการสืบค้นและรวบรวมข้อมูลมาตรการสุขอนามัยพืชของเมล็ดพันธุ์พริกจากประเทศต่างๆ ได้มาตรการสุขอนามัยพืชสำหรับการนำเข้าเมล็ดพันธุ์พริก คือ ต้องมีการรับรองสุขอนามัยพืชสำหรับภาชนะบรรจุต้องปลอดจาก khapra beetle (Trogoderma granarium Everts) การรับรองเมล็ดพันธุ์ว่าได้รับการตรวจสอบว่าปลอดจากแมลง Trogoderma spp. เมล็ดพันธุ์ต้องผ่านการตรวจรับรองตามวิธีการวิเคราะห์ของ ISTA การรมเมล็ดพันธุ์ด้วย Methyl bromide อัตรา 80 g/m3 เป็นเวลา 48 ชั่วโมง ที่อุณหภูมิ 21˚C หรือรมด้วย Phosphine อัตรา 1.0 - 1.5 g/m3 เป็นเวลา 10 วัน ที่อุณหภูมิระหว่าง 15 - 25˚C หรือที่อัตรา 1.0 - 1.5 g/m3 เป็นเวลา 7 วัน ที่อุณหภูมิมากกว่า 25˚C เพื่อกำจัด khapra beetle การกำจัดศัตรูพืชบนเมล็ดพันธุ์ด้วยการใช้ความร้อนที่อุณหภูมิ 82 - 85˚C เป็นเวลา 24 ชั่วโมง การแช่เมล็ดพันธุ์ใน 10% Na3PO4 เป็นเวลา 20 นาที เพื่อกำจัดเชื้อไวรัสที่ติดมากับเม็ดพันธุ์ การใช้สายพันธุ์ที่มีความต้านทานหรือทนทานต่อโรคและแมลงศัตรูพืช โดยเมล็ดพันธุ์ต้องมาจากแหล่งที่ปลอดจากศัตรูพืชกักกัน และต้องมาจากต้นพ่อแม่ที่ได้รับการตรวจสอบในระยะการเจริญเติบโตหรือได้รับการตรวจสอบในห้องปฏิบัติการว่าปลอดจากศัตรูพืชกักกัน ซึ่งจากการสืบค้นข้อมูลศัตรูพืชเบื้องต้นพบศัตรูพืชของพริกที่มีรายงานในไทยและเครือรัฐออสเตรเลีย จำนวน 195 ชนิด คือ แมลง 70 ชนิด ไร 6 ชนิด หอยทาก 1 ชนิด ไส้เดือนฝอย 12 ชนิด โปรโตซัว 1 ชนิด แบคทีเรีย 18 ชนิด ไฟโตพลาสมา 2 ชนิด รา 45 ชนิด ไวรัส 24 ชนิด วัชพืช 15 ชนิด และสัตว์ฟันแทะ 1 ชนิด โดยเป็นศัตรูพืชที่พบในเครือรัฐออสเตรเลีย จำนวน 176 ชนิด คือ แมลง 59 ชนิด ไร 6 ชนิด หอยทาก 1 ชนิด ไส้เดือนฝอย 12 ชนิด โปรโตซัว 1 ชนิด แบคทีเรีย 18 ชนิด ไฟโตพลาสมา 2 ชนิด รา 42 ชนิด ไวรัส 20 ชนิด และวัชพืช 15 ชนิด ซึ่งพบศัตรูพืชที่มีโอกาสติดมากับเมล็ดพันธุ์และต้องมีมาตรการจัดการทางด้านสุขอนามัยพืชที่เหมาะสม จำนวน 9 ชนิด คือ รา 2 ชนิด ได้แก่ Phomopsis longicolla, Verticillium dahliae แบคทีเรีย 3 ชนิด ได้แก่ Pseudomonas marginalis pv. marginalis, Pseudomonas syringae pv. tabaci, Pseudomonas viridiflava และไวรัส 4 ชนิด ได้แก่ Alfalfa mosaic virus, Tobacco streak virus, Tobacco ringspot virus และ Tomato mosaic virus โดยเมล็ดพันธุ์ที่นำเข้าต้องมีใบรับรองสุขอนามัยพืชที่ระบุข้อความเพิ่มเติมว่า เมล็ดพันธุ์พริกต้องมาจากแหล่งที่ปลอดจากศัตรูพืชกักกัน (pest free area หรือ pest free production site) หรือเมล็ดพันธุ์พริกต้องมาจากต้นพ่อแม่ที่ได้รับการตรวจสอบในระยะการเจริญเติบโตหรือได้รับการตรวจสอบในห้องปฏิบัติการว่าปลอดจาก Pseudomonas marginalis pv. marginalis, Pseudomonas syringae pv. tabaci, Pseudomonas viridiflava, Alfalfa mosaic virus, Tobacco streak virus, Tobacco ringspot virus และ Tomato mosaic virus นอกจากนี้การนำเข้าต้องปราศจากแมลงที่มีชีวิต ดิน ทราย วัชพืช ชิ้นส่วนของพืช เช่น ใบ ก้าน เศษซากพืช และสิ่งอื่นใดที่มีศักยภาพเป็นศัตรูพืชกักกัน และเมล็ดพันธุ์พริกต้องแช่ในน้ำร้อนที่อุณหภูมิ 51 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 30 นาที