สารแขวนลอยสปอร์โรซีสต์ของ Sarcocystis singaporensis ที่น ามาใช้ในการทดลองมีการปนเปื้อนจากปรสิตโปรโตซัวชนิดอื่นและเชื้อต่างๆจ านวนมากแม้ว่าจะผ่านการคัดแยกเชื้อให้บริสุทธิ์มาแล้วก็ตาม แต่เชื้อเริ่มต้นของ S. singaporensis ในระยะสปอร์โรซีสต์นั้นไม่ได้มาจากเชื้อเพียงหนึ่งซีสต์ (1 sarcocyst) ดังนั้นต้องเริ่มทำการศึกษาปรสิตโปรโตซัว S. singaporensis ในระยะซาร์โคซีสต์ 1 ซีสต์ก่อน ซึ่งสามารถท ำได้ง่ายกว่า อย่างไรก็ดีหลังจากได้ทำการถอดรหัสพันธุกรรมของ S. singaporensis ในระยะซาร์โคซีสต์พบว่า มีเชื้อปรสิตโปรโตซัวในกลุ่มค็อคซิเดียโปรโตซัวชนิดอื่นปนอยู่ในกล้ามเนื้อลำตัวหนูประมาณ 2 - 3 ชนิด ดังนั้นจึงต้องทำการโคลนนิ่งเพื่อถอดรหัสพันธุกรรมเชื้อแต่ละชนิดที่ปนกันอยู่ให้สามารถแยกจากกันได้ก่อนแล้วจึงนำรหัสพันธุกรรมที่ได้นำมาใช้ออกแบบไพร์เมอร์ให้จำเพาะต่อ S. singaporensis เพื่อใช้ในการจำแนกชนิดและศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมต่อไป