การแพร่ระบาดของข้าววัชพืชโดยการปนเปื้อนไปกับเมล็ดพันธุ์ข้าวนั้น ได้ก่อให้เกิดปัญหารุนแรงในปัจจุบัน สาเหตุเนื่องจากข้าววัชพืชมีการปรับตัวและสามารถเลียนแบบลักษณะทางสัณฐานของข้าวปลูกที่ขึ้นร่วมกันได้ดี ทำให้การจำแนกด้วยสายตาไม่สามารถทำได้ การทดลองนี้ได้พัฒนาวิธีการตรวจสอบการปนเปื้อนของข้าววัชพืชในเมล็ดพันธุ์ข้าวโดยใช้ความแตกต่างของ coleoptiles ร่วมกับเทคนิคทางชีวโมเลกุลโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล SSRs สุ่มเก็บตัวอย่างประชากรข้าววัชพืชชนิดข้าวดีด เปลือกเมล็ดสีฟาง ไม่มีหางที่ปลายเมล็ด เยื่อหุ้มเมล็ดสีขาวเหมือนข้าวปลูก แต่เมล็ดร่วงทั้งหมด จากแปลงที่มีการระบาดในแหล่งปลูกข้าวภาคกลาง ภาคเหนือตอนล่าง และภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จำนวนทั้งหมด 20 ประชากร เบื้องต้นนำเมล็ดไปเพาะทดสอบการเจริญเติบโตของต้นอ่อนเปรียบเทียบกับข้าวปลูกพันธุ์สุพรรณบุรี 1 และชัยนาท 1 หลังจากนั้นย้ายปลูกเพื่อเก็บตัวอย่างใบสำหรับวิเคราะห์ดีเอ็นเอ เปรียบเทียบกับข้าวป่าสามัญ 1 ประชากรและข้าวปลูก 6 พันธุ์ ได้แก่ สุพรรณบุรี1 ชัยนาท 1 ปทุมธานี 1 พิษณุโลก 2 ขาวดอกมะลิ 105 และ กข 6 ผลการตรวจสอบการเจริญเติบโตของต้นอ่อนพบว่า ข้าววัชพืชทุกประชากรมีความยาวต้นอ่อนเฉลี่ยมากกว่าข้าวปลูกพันธุ์สุพรรณบุรี 1 แต่มี 3 ประชากร (15%) ไม่แตกต่างจากข้าวปลูกพันธุ์ชัยนาท 1 ส่วนการตรวจสอบข้าววัชพืช 20 ประชากรจำนวน 386 ต้น โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล SSRs พบไพรเมอร์ 7 ตัว ที่สามารถจำแนกความแตกต่างระหว่างข้าวป่า และข้าวปลูกที่ใช้เป็นพันธุ์ตรวจสอบ ได้แก่ RM1, RM206, RM225, RM280, RM341, RM481 และ RM588 ความแม่นยำในการตรวจสอบการปนเปื้อนของข้าววัชพืชนั้น ขึ้นอยู่กับจำนวนไพรเมอร์ที่ใช้ และเมื่อใช้ไพรเมอร์ร่วมกันทั้ง 7 ตัว สามารถตรวจสอบการปนเปื้อนของข้าววัชพืชได้ทั้งหมดทุกต้น 100 % สำหรับผลการวิเคราะห์โครงสร้างทางพันธุกรรมพบว่า ข้าววัชพืชมีพันธุกรรมของข้าวปลูกหลายๆ พันธุ์รวมอยู่ในต้นเดียวกันหรือมีพันธุกรรมข้าวป่าร่วมกับข้าวปลูก ข้าววัชพืชที่เก็บตัวอย่างจากภาคกลางและภาคเหนือตอนล่างถูกจัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับข้าวปลูกพันธุ์สุพรรณบุรี 1 ชัยนาท 1 และพิษณุโลก 2 ขณะที่ข้าววัชพืชที่เก็บตัวอย่างมาจากภาคตะวันออกเฉียงเหนือถูกจัดให้อยู่ในกลุ่มเดียวกับข้าวปลูกพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 กข 6 และปทุมธานี 1 โดยสรุปวิธีการนี้สามารถนำไปใช้ในการตรวจสอบการปนเปื้อนของข้าววัชพืชชนิดที่มีลักษณะภายนอกเหมือนข้าวปลูกทุกประการได้อย่างถูกต้องและแม่นยำ