การผลิตปุ๋ยหมักเพื่อเพาะเห็ดฟางจะมีแบคทีเรียกลุ่ม Bacillus spp. ที่มีบทบาทสำคัญต่อการย่อยสลายวัสดุที่จะทำปุ๋ยหมักให้ได้สารที่มีประโยชน์ต่อการเจริญของเห็ดฟางและควบคุมจุลินทรีย์ปฏิปักษ์ที่ปนเปื้อนอยู่ในปุ๋ยหมัก เพื่อให้ได้ผลผลิตเห็ดฟางที่มีคุณภาพดีและได้ปริมาณมากจากการเพาะเห็ดฟางระบบโรงเรือนจึงได้ทดสอบการเพาะเห็ดฟางด้วยปุ๋ยหมักที่ไม่เติมแบคทีเรีย Bacillus spp., เติม Bacillus sp.B-1, เติม Bacillus sp.B-2, และเติมอาหารเหลว (Nutrient broth) เปรียบเทียบผลผลิต ดำเนินการระหว่างตุลาคม 2550 - กันยายน 2552 ที่ฟาร์มเพาะเห็ดฟางของเกษตรกรที่อำเภอภาชี จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

          ผลการทดลองทั้งปี พ.ศ. 2551 และปี พ.ศ. 2552 พบว่า การใช้ปุ๋ยหมักที่เติม Bacillus sp.B-1, Bacillus sp.B-2 เพาะเห็ดฟางให้ผลผลิต 4.28, 4.21 (ปี พ.ศ. 2551) และ 3.74, 3.99 (ปี พ.ศ. 2552) สูงกว่าการเพาะด้วยปุ๋ยหมักที่เติมอาหารเหลวและปุ๋ยหมักไม่ได้เติมแบคทีเรียที่ได้ผลผลิต 3.44, 3.50 (ปี พ.ศ. 2551) และ 3.24, 3.34 (ปี พ.ศ. 2552) กิโลกรัมต่อตารางเมตร โดยลำดับอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ตลอดการเพาะของช่วงฤดูหนาว ร้อน และฤดูฝนทั้ง 2 ปี