การใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์เป็นอีกทางเลือกหนึ่งในการป้องกันกำจัดโรคแอนแทรคโนสของพริกที่เกิดจากเชื้อรา Colletotrichum gloeosporioides (Syd.) Butler & Bisby และ C. capsici Penz. ที่ระบาดทำความเสียหายกับผลพริกในทุกแหล่งปลูก โดยเฉพาะในระยะเก็บเกี่ยวผลผลิตเพราะจะช่วยลดโอกาสการเกิดพิษตกค้างของสารป้องกันกำจัดโรคพืชในผลผลิตได้ กลุ่มวิจัยโรคพืชได้คัดเลือกเชื้อแบคทีเรีย Bacillus subtilis ที่มีศักยภาพในการยับยั้งเชื้อสาเหตุโรคแอนแทรคโนสในสภาพห้องปฏิบัติการได้จึงนำเชื้อ B. subtilis จำนวน 5 ไอโซเลท ไปทดสอบขยายผลในสภาพแปลงทดลองที่ศูนย์วิจัยพืชสวนลำปาง ในระหว่างเดือนตุลาคม 2551 ถึงกันยายน 2552 จำนวนผลพริกที่เป็นโรคในกรรมวิธีที่ใช้เชื้อจุลินทรีย์ปฏิปักษ์ทั้ง 5 สายพันธุ์ (สายพันธุ์ 1G8 20W5 20W16 20W33 และ 20W8) ในลักษณะที่เป็นผงละลายน้ำที่นำมาทดสอบในอัตรา 40 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร ใช้ระยะเวลาการพ่นทุก 7 วันหลังจากพริกเริ่มติดดอก ทำให้ร้อยละของผลพริกที่เป็นโรคในทุกกรรมวิธีที่พ่นเชื้อจุลินทรีย์ปฏิปักษ์มีผลพริกเป็นโรคแตกต่างจากการพ่นน้ำเปล่าอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ โดยการพ่นเชื้อจุลินทรีย์ปฏิปักษ์มีความสามารถในการยับยั้งโรคได้ร้อยละ 40.02 - 48.03