โรคพืชเป็นปัญหาสำคัญต่อการผลิตข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ การคัดเลือกพันธุ์ข้าวโพดที่ต้านทานต่อโรคเป็นงานหนึ่งในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวโพดซึ่งมีการดำเนินงานอย่างต่อเนื่องทุกปี เพื่อจำแนกระดับความต้านทานของข้าวโพดแต่ละสายพันธุ์ และนำพันธุ์ที่มีระดับความต้านทานต่อโรคมาใช้ประโยชน์เป็นแหล่งพันธุกรรมในการพัฒนาพันธุ์ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ลูกผสม นอกจากนี้ยังใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงในการคัดเลือกพันธุ์ดีเสนอเป็นพันธุ์รับรองของกรมวิชาการเกษตร สำหรับแนะนำให้เกษตรกรปลูกเพื่อลดความเสียหายจากการระบาดของโรคใบไหม้แผลใหญ่ที่เกิดจากเชื้อรา Exserohilum turcicum (Pass.) Leonard & Suggs. ซึ่งเริ่มเป็นปัญหาในหลายพื้นที่ ในปี 2552 ได้นำข้าวโพดสายพันธุ์แท้ 9 สายพันธุ์ และข้าวโพดลูกผสมพันธุ์ดีเด่นทนทานแล้งที่จะนำไปทดสอบและประเมินผลในระดับการเปรียบเทียบในท้องถิ่นและพันธุ์การค้า 14 พันธุ์ มาประเมินความต้านทานต่อโรคภายใต้สภาพที่มีการระบาดของโรคจากแถวแพร่เชื้อ ดำเนินการที่ศูนย์วิจัยพืชไร่นครสวรรค์ อ.ตากฟ้า จ.นครสวรรค์ เมื่อข้าวโพดอายุ 80 วัน ให้คะแนนการเกิดโรค 1 - 5 เมื่อ 1 หมายถึง มีพื้นที่ใบเป็นโรคน้อย และ 5 คือ มีพื้นที่ใบเป็นโรคมาก ผลการประเมินการเกิดโรคใบไหม้แผลใหญ่พบว่า ข้าวโพดสายพันธุ์แท้ ต้านทานต่อโรคปานกลาง 3 สายพันธุ์ อ่อนแอต่อโรคปานกลาง 6 สายพันธุ์ ข้าวโพดลูกผสม ต้านทานต่อโรค 3 พันธุ์ ต้านทานปานกลาง 11 พันธุ์