ส้มโอเป็นพืชเศรษฐกิจที่สำคัญต่อการส่งออกพืชหนึ่งในประเทศไทย ในปี 2549 ได้พบการระบาดของโรคจุดดำบนผลส้มโอที่อำเภอเวียงแก่น จังหวัดเชียงราย ซึ่งเป็นแหล่งผลิตส้มโอเพื่อการส่งออกเนื่องจากเป็นพื้นที่ที่ปลอดโรคแคงเคอร์ของส้ม โรคนี้เป็นโรคที่สำคัญสำหรับการส่งออกของส้มโอ เนื่องจากประเทศที่นำเข้าส้มโอไม่ยอมรับส้มโอที่แสดงอาการของโรคจุดดำ วัตถุประสงค์ของการศึกษาครั้งนี้เพื่อศึกษาวิธีการตรวจสอบราสาเหตุโรคจุดดำของส้มโอ ผลการทดลองจากการแยกเชื้อจากอาการของจุดดำส้มโอตามลักษณะอาการต่าง ๆ แยกได้ทั้งหมด 65 isolates จำแนกชนิดเป็นรา Guignardia citricarpa 5 isolates โคโลนีของราเจริญช้า, G. mangiferae 27 isolates โคโลนีของราเจริญเร็ว และ Unidentified Phyllosticta 33 isolates และจากการตรวจสอบรา G. citricarpa สาเหตุโรคจุดดำของส้มโอ และรา G. mangiferae ซึ่งมีลักษณะเป็นเอ็นโดไฟท์บนพืช โดยการใช้เทคนิค Polymerase Chain Reaction (PCR) ด้วยไพรเมอร์ ITS1 (5’TCCGTAGG TGAACCTGCGG) และไพรเมอร์ ITS4 (5’ TCCTCCGCTTATTGATATGC) ได้นำมาทดสอบเพื่อการนำไปใช้ในตรวจสอบราสาเหตุโรคจุดดำของส้มโอเพื่อการส่งออก โดยการทดสอบกับดีเอ็นเอของราในระยะการเจริญของสปอร์และเส้นใย ความจำเพาะของปฏิกิริยา PCR และไพร์เมอร์ดังกล่าวสามารถตรวจสอบรา G. mangiferae ได้ในระยะการเจริญของสปอร์และเส้นใย โดยมีขนาดของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่สังเคราะห์ได้ประมาณ 226 คู่เบส และจากการวิเคราะห์ปฏิกิริยา PCR ของสปอร์ที่ผสมกับดีเอ็นเอของส้มโอปกติที่ความเข้มข้น 70 ng พบว่าสามารถใช้ตรวจสอบได้กับปริมาณดีเอ็นเอของเชื้อ G. mangiferae ที่ระดับ 40 ซึ่งเป็นระดับต่ำสุด แต่ในการศึกษาครั้งนี้ไม่สามารถตรวจสอบรา G. citricarpa ได้