งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาวิธีการตรวจคัดกรองเพื่อจำแนกสายพันธุ์มะละกอดัดแปรพันธุกรรมด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่โดยใช้คู่ไพรเมอร์จำเพาะ การทดลองดำเนินการที่ห้องปฏิบัติการตรวจวิเคราะห์พืชจีเอ็มโอ กรมวิชาการเกษตร ระหว่างปี พ.ศ. 2555 ถึง 2558 สืบค้นลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน cp ซึ่งเป็นรหัสของโปรตีนห่อหุ้มอนุภาคไวรัสโรคใบด่างจุดวงแหวน (PRSV) จากมะละกอดัดแปรพันธุกรรม 5 สายพันธุ์ (AUS-PRSV-CP, Hawaii-PRSV-CP, Taiwan-PRSV-CP-YK, THAIDOA-PRSV-CP และ THAI-KU-PRSV-CP-CM2) และยีนกลูโคโลนิเดสนำลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนมาเปรียบเทียบด้วยโปรแกรมบลาสทเพื่อออกแบบและสังเคราะห์คู่ไพรเมอร์จำเพาะจำนวน 3 คู่ (CP_F-all/CP_R-all, CP_FTT/CP_R2 และ CP_FHA/CP_R2) จากยีน cp ของไวรัสฯ ขณะที่คู่ไพรเมอร์จำเพาะอีก 1 คู่ (GUS_F/GUS_R) ออกแบบจากยีนกลูโคโลนิเดส จากน้ันนำคู่ไพรเมอร์ท้ังหมดมาใช้ตรวจคัดกรองตัวอย่างมะละกอดัดแปรพันธุกรรมด้วยวิธี PCR และตรวจยืนยันด้วยวิธี Real-time PCR ผลการตรวจพบว่า คู่ไพรเมอร์ (CP_F-all/CP_R-all) สามารถตรวจคัดแยกมะละกอดัดแปรพันธุกรรมได้ทุกสายพันธุ์ สำหรับคู่ไพรเมอร์ (CP_FTT/CP_R2) สามารถตรวจคัดแยกมะละกอฯ ได้เฉพาะสายพันธุ์ไทย (PRSV-KU และ PRSV-DOA), ส่วนคู่ไพรเมอร์ (CP_FHA/CP_R2) ตรวจคัดแยกได้เพียงสายพันธุ์ฮาวาย (PRSV HA-55-1) สายพันธุ์เดียวและคู่ไพรเมอร์ (GUS_F/GUS_R) ตรวจคัดแยกได้ท้ังสายพันธุ์ฮาวายและไทย (PRSV HA-55-1 และ PRSV-DOA) ลำดับต่อมาสำรวจและเก็บตัวอย่างมะละกอจำกแปลงเกษตรกรที่ขึ้นและไม่ขึ้นทะเบียน GAP และแปลงผู้ส่งออกนำตัวอย่างมะละกอฯมาตรวจจำแนกสายพันธุ์ด้วยคู่ไพรเมอร์จำ เพาะจำ นวน 4 คู่และทา ตามวิธีการดังที่ได้กล่าวมาเบื้องต้น พบว่าเป็ นมะละกอดดั แปรพันธุกรรมสายพนั ธุ์ PRSV-KU มากที่สุด คิดเป็นร้อยละ 40.70, รองลงมา คือ สายพันธุ์PRSV-DOA ร้อยละ 13.67 สายพันธุ์ PRSV HA-55-1 ร้อยละ 1.17, สายพันธุ์ผสมระหว่าง PRSV-KU x PRSV HA-55-1 ร้อยละ 0.08 และไม่สามารถระบุสายพันธุ์แหล่งที่มาได้คิดเป็นร้อยละ 46.37 จากการวิเคราะห์หาความสัมพันธ์ระหว่างตัวอย่างมะละกอดัดแปรพันธุกรรมกับมะละกอฯ สายพันธุ์อ้างอิงจากธนาคารยีนโดยการเปรียบเทียบลำดับเบสของยีน cp พบว่าตัวอย่างมะละกอดัดแปรพันธุกรรมแบ่งออกไดเป็น 4 clades; PRSV-KU, PRSV-DOA, PRSV-YK และ PRSV-Hawaii