การปรับปรุงพันธุ์พริกขี้หนูเลย เริ่มดำเนินการทดลองระหว่างปี 2549 – 2554 โดยการรวบรวมและคัดเลือกพันธุ์พริกที่มีลักษณะเจริญเติบโตดี ความยาวผลอยู่ระหว่าง 6.0 – 8.2 ซม. ก้านผลสีเขียวยาว 3.5 – 4.6 ซม. เส้นผ่านศูนย์กลางผล 0.8-1.0 ซม. จากแหล่งปลูกต่าง ๆ ในเขตจังหวัดเลย จำนวน 200 สายพันธุ์ ปลูกคัดเลือกพันธุ์แบบสายพันธุ์บริสุทธิ์จำนวน 2 รุ่น คัดพันธุ์ที่มีลักษณะดีเด่น หลังจากนั้นเปรียบเทียบและทดสอบพันธุ์โดยใช้สายพันธุ์พริกขี้หนูเลยที่ได้จากการคัดพันธุ์ครั้งที่ 2 จำนวน 12 สายพันธุ์ (รวมสายพันธุ์ของเกษตรกร) ดำเนินการที่ศูนย์วิจัยพืชสวนศรีสะเกษ ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรหนองคาย ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรนครพนม และศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรชัยภูมิ โดยใช้ขนาดแปลง 4.0 x 5.0 เมตร ระยะปลูก 0.5 x 1.0 เมตร การเตรียมต้นกล้าพริกศูนย์วิจัยพืชศรีสะเกษจัดเตรียมให้ทุกสถานที่ที่ทำการทดลอง ทำการเก็บข้อมูลการเจริญเติบโต และลักษณะทางพฤกษศาสตร์ เพื่อคัดสายพันธุ์ที่ปรับตัวได้ดีในแหล่งปลูกต่าง ๆ คัดเลือกได้สายพันธุ์ที่มีลักษณะดีเด่น 3 สายพันธุ์ นำไปทดสอบในไร่เกษตรกรในแหล่งปลูกต่าง ๆ ได้แก่ จังหวัดศรีสะเกษ ประกอบด้วย สายพันธุ์ ศก 40-2-2 ศก 59-1-1 ศก 59-1-2 และพันธุ์ของเกษตรกร จังหวัดหนองคาย ประกอบด้วย สายพันธุ์ ศก 13-1-1  ศก 29-1-1 ศก 40-1-1 และพันธุ์ของเกษตรกร จังหวัดนครพนม ประกอบด้วย สายพันธุ์ ศก 20-1-1 ศก 16-1-1 ศก 59-1-2 และพันธุ์ของเกษตรกร และจังหวัดชัยภูมิ ประกอบด้วย สายพันธุ์ ศก 13-1-1 ศก 16-1-1 ศก 59-1-2 และพันธุ์ของเกษตรกร ผลการทดลองพบว่า พันธุ์ ศก 59-1-2 เป็นพันธุ์ที่ให้ผลผลิตสูง เป็นที่ยอมรับของเกษตรกรผู้ปลูกมากที่สุด และสามารถปรับตัวได้ดีในแหล่งปลูก