ทุเรียนพันธุ์จันทบุรี 9 หรือทุเรียนลูกผสมสายพันธ์ 5-441-13 จากการศึกษาและผสมข้ามพันธุ์ทุเรียนเพื่อผลิตทุเรียนลูกผสมในอนาคต ได้ทำการผสมข้ามพันธุ์โดยการใช้พันธุ์พ่อพันธุ์แม่ที่ได้รับการคัดเลือกจำนวน 18 สายพันธุ์ทำการผสมพันธุ์พ่อแม่จำนวน 55 คู่ผสม ได้เมล็ดลูกผสมทั้งหมด 17,840 เมล็ด นำต้นกล้าลูกผสมไปปลูกในแปลงและทำการคัดเลือก เพื่อให้ได้ทุเรียนลูกผสมที่มีคุณภาพดี และมีคุณลักษณะต่างๆ ตามความต้องการของตลาดและขยายช่วงการผลิตดำเนินการที่ศูนย์วิจัยพืชสวนจันทบุรีระหว่างปี พ.ศ. 2529-2533 ที่แปลงทดลองพืชสวน ศูนย์วิจัยพืชสวนจันทบุรี และได้ทำการประเมินและคัดเลือกทุเรียนลูกผสมชั่วที่ 1 ตั้งแต่ พ.ศ. 2542 เป็นต้นมาเกณฑ์การคัดเลือกใช้เฉพาะลักษณะทางคุณภาพที่สำคัญ 5 ลักษณะคือ น้ำหนักผล ความหนาเนื้อ เปอร์เซ็นต์เนื้อต่อผล คุณภาพในการรับประทาน และเปอร์เซ็นต์เมล็ดลีบ รวมทั้งอายุการเก็บเกี่ยว เปอร์เซ็นต์การติดผลและผลผลิต จากการคัดเลือกได้ทุเรียนลูกที่มีคุณภาพดีเด่นตามหลักเกณฑ์ที่กำหนดเป็นเวลาติดต่อกันอย่างน้อย 2-3 ปีและได้เปรียบเทียบกับพันธุ์การค้าปัจจุบัน และในระหว่างปี พ.ศ. 2554–2558 ได้ประเมินและคัดเลือกทุเรียนลูกผสมชั่วที่ 1 ได้สายพันธุ์ลูกผสมซึ่งมีคุณสมบัติดีเด่น ได้แก่ ลูกผสมหมายเลข 5-441-13 (จันทบุรี 9) ซึ่งเป็นลูกผสมระหว่างพันธุ์ แม่ชะนีกับพันธุ์พ่อหมอนทอง