ข้าวพันธุ์ปราจีนบุรี 2 ได้จากการผสมพันธุ์ระหว่างชั่วที่ 1 ของคู่ผสม BKNFR80086 กับชั่วที่ 1 ของ HTAFR80038 ที่สถานีทดลองข้าวหันตรา ในปี พ.ศ.2524 ปลูกและคัดเลือกข้าวถึงชั่วที่ 8 ได้สายพันธุ์ HTAFR81042-4B-7-1 ในปีพ.ศ.2533-2536 นำไปศึกษาพันธุ์และเปรียบเทียบผลผลิตภายในสถานีในปีพ.ศ.2537-2539 เปรียบเทียบผลผลิตระหว่างสถานี ที่สถานีทดลองข้าวหันตรา ศูนย์วิจัยข้าวปราจีนบุรี และศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลก พร้อมทั้งศึกษาศักยภาพในการให้ผลผลิตในสภาพน้ำตื้นและนำลึกในปีพ.ศ.2540-2543 ทดสอบผลผลิตและสาธิตในนาเกษตรกรจังหวัดพระนครศรีอยุธยา จังหวัดนครนายก และจังหวัดปราจีนบุรี

อายุเก็บเกี่ยวประมาณ 25 ธันวาคม ต้นสูงประมาณ 130-222 เซนติเมตร ทรงกอตั้ง ลำต้นแข็ง ช่วงเก็บเกี่ยวใบแห้งปานกลาง รวงยาวค่อนข้างแน่น ระแง้ถี่ คอรวงสั้น ข้าวเปลือกสีฟาง มีขนสั้นบนเปลือกเมล็ดรูปร่างข้าวกล้องยาวเรียว น้ำหนักข้าวเปลือก 100 เมล็ด 27.8 กรัม ท้องไข่น้อยถึงปานกลาง ข้าวสุกร่วนและแข็ง ปริมาณอมิโลส 30.25 เปอร์เซ็นต์ ระยะพักตัวของเมล็ดประมาณ 4 สัปดาห์

เป็นข้าวน้ำลึกที่มีทรงลักษณะต้นใหม่ คือต้นเตี้ยฟางแข็งไม่ล้มง่าย การปลูกในสภาพนาระดับน้ำปกติ (25 เซนติเมตร) มีศักยภาพในการให้ผลผลิตสูง 846 กิโลกรัมต่อไร่ ในสภาพที่มีระดับน้ำมากกว่าปกติ (100 เซนติเมตร) มีศักยภาพในการให้ผลผลิต 590 กิโลกรัมต่อไร่ สูงกว่าข้าวพันธุ์พื้นเมืองต้นสูงที่เกษตรกรนิยมปลูก มีความสามารถในการยืดปล้องและทนน้ำท่วมได้ปานกลาง ในช่วงข้าวอายุ 30-40 วัน ค่อนข้างทนทานต่อดินเปรี้ยว มีความต้านทานต่อโรคไหม้ ค่อนข้างต้านทานต่อโรคขอบใบแห้ง ต้านทานต่อหนอนกอ สามารถแปรรูปเป็นผลิตภัณฑ์เส้นได้ดี เช่น เส้นหมี่ ขนมจีน ก๋วยเตี๋ยว

ปลูกในนาน้ำลึกไม่เกิน 100 เซนติเมตร น้ำท่วมขังนานไม่น้อยกว่า 1 เดือน และนาแห้งประมาณกลางเดือนธันวาคม เช่นพื้นที่นาในภาคกลาง ภาคตะวันออก และภาคเหนือตอนล่าง

ไม่ต้านทานโรคใบสีส้ม เพลี้ยจักจั่นสีเขียว และเพลี้ยกระโดดสีน้ำตาล จากการทดสอบในสภาพเรือนทดลอง ในระยะกลัา