ถั่วเหลืองพันธุ์เชียงใหม่ 3 ได้มาจากการผสมข้ามระหว่างถั่วเหลืองพันธุ์ G 9946 กับ AGS 17 ที่ศูนย์วิจัยและพัฒนาพืชผักแห่ง เอเซีย (AVRDC) เมื่อปีพ.ศ.2524 นำมาปลูกครั้งแรกที่ศูนย์วิจัยพืชไร่เชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ.2534 เพื่อขยายเมล็ดพันธุ์แล้วนำไปเปรียบเทียบเบื้องต้นมาตรฐานท้องถิ่นในไร่เกษตรกร และทดสอบในไร่เกษตรกรในแหล่งปลูกถั่วเหลืองตามขั้นตอนการปรับปรุงพันธุ์ของ กรมวิชาการเกษตร

โคนต้นอ่อนสีม่วง ทรงต้นทอดยอด ดอกสีม่วง ฝักแก่สีเทาดำ เมล็ดสีเหลือง ตาเมล็ดสีน้ำตาลดำ มีน้ำมัน 22.3 เปอร์เซ็นต์ โปรตีน 38.8 เปอร์เซ็นต์

ผลผลิตเฉลี่ย 330 กิโลกรัมต่อไร่ สูงกว่าพันธุ์เชียงใหม่ 60 ร้อยละ 7 และ สจ.5 ร้อยละ 9 ต้านทานต่อโรคใบจุดทั้งในสภาพธรรมชาติ และต้านทานต่อโรคราน้ำค้าง โรคใบด่างในสภาพการปลูกเชื้อ มีเปอร์เซ็นต์น้ำมันสูงกว่าพันธุ์ สจ.5 และเชียงใหม่ 60 ร้อยละ 18 และ 4 ตามลำดับ ปรับตัวกับสภาพแวดล้อมได้กว้าง

ในฤดูแล้ง ปลูกที่จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดพิษณุโลก จังหวัดชัยนาท และจังหวัดขอนแก่น ฤดูฝนปลูกที่จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดเพชรบูรณ์ จังหวัดลพบุรี จังหวัดสุโขทัย จังหวัดเลย และจังหวัดกาฬสินธุ์

เป็นพันธุ์ทอดยอด จึงแนะนำให้ใช้ระยะระหว่างแถว 50 เซนติเมตร ระยะระหว่างหลุม 20 เซนติเมตร จำนวน 3 ต้นต่อหลุม ไม่ควรปลูกในแหล่งที่มีการระบายน้ำไม่ดี