มะละกอแขกดำศรีสะเกษ ได้จากการคัดเลือกพันธุ์และปรับปรุงพันธุ์สำหรับภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เพื่อให้มีความบริสุทธิ์ของสายพันธุ์สูง ผลผลิตดี เหมาะสำหรับบริโภคทั้งดิบและสุก โดยการนำเอาเมล็ดพันธุ์มาจากจังหวัดราชบุรี และจังหวัดนครราชสีมา ปลูกและคัดเลือกต้นพันธุ์แบบ Pure Line Selection ตั้งแต่ปีพ.ศ.2527 จนถึงชั่วที่ 4 ปี พ.ศ.2533 จากนั้นจึงได้มีการผสมเปิดระหว่างสายพันธุ์คัด 7 สายพันธุ์ ในชั่วที่ 5 ตั้งแต่ปี พ.ศ.2534 เป็นต้นมา

ลำต้นเตี้ย อวบน้ำใบหยักสีเขียวเข้ม ก้านใบกลวง ดอกเกิดที่ข้อของลำต้น เริ่มออกดอกเมื่ออายุ 130 วันหลังปลูก ผิวผลดิบสีเขียวเข้มไม่เรียบ รูปร่างของผลในต้นกระเทยลักษณะยาวทรงกระบอกขนาด 27-35 เซนติเมตร น้ำหนักผลเฉลี่ย 1.28 กิโลกรัม ความหนาเนื้อ 2.0-2.3 เซนติเมตร เนื้อผลสุกสีแดงถึงแดงส้ม เนื้อละเอียดเหนียว รสหวาน เก็บเกี่ยวผลดิบเมื่ออายุ 3-4 เดือนหลังดอกบาน และผลสุกเมื่ออายุ 5-6 เดือน

ผลดก ผลผลิตเฉลี่ย 52.2 กิโลกรัมต่อต้นต่อปี ติดผลเร็ว มีความบริสุทธิ์ของสายพันธุ์สูงกว่าพันธุ์แขกดำทั่วไปที่เกษตรกรเก็บเมล็ดพันธุ์เอง ทนทานต่อโรคใบจุดวงแหวนในระยะต้นกล้าปานกลาง

พื้นที่มีปริมาณน้ำเพียงพอ ดินดี อุดมสมบูรณ์

ค่อนข้างอ่อนแอต่อโรคใบจุดวงแหวนในสภาพแปลงปลูก ดังนั้นพื้นที่ปลูกต้องไม่มีการแพร่ระบาดของโรคนี้