เมื่อวันที่ 17 มีนาคม 2541 คณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบนโยบายเศรษฐกิจของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในการปรับโครงสร้างการเกษตร และวันที่ 23 พฤศจิกายน 2542 คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติแผน/โครงการเงินกู้เพื่อปรับโครงสร้างภาคการเกษตร โดยกรมวิชาการเกษตรได้รับอนุมัติให้มีการก่อสร้างอาคารธนาคารเชื้อพันธุ์พืชซึ่งอยู่ภายใต้แผนงานวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการเกษตร (แผนที่ 4) โครงการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพการเกษตร และต่อมากรมวิชาการเกษตรลงนามสัญญาก่อสร้างอาคารธนาคารเชื้อพันธุ์พืชแบบจ้างเหมาเบ็ดเสร็จ (Lump Sum Turnkey) โดยมีกำหนดระยะเวลาการก่อสร้างตั้งแต่วันที่ 21 กรกฎาคม 2543  วันที่ 27 ธันวาคม

          ในวันที่ 30 มกราคม 2544 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จฯ ทรงเป็นประธานวางศิลาฤกษ์ และต่อมาวันที่ 7 มกราคม 2545 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พระราชทานพระราชานุญาตให้อัญเชิญอักษรพระนามาภิไธยย่อ สธ ประดับเหนือชื่อ อาคารทรัพยากรพันธุกรรมพืชสิรินธร พร้อมทั้งวันที่ 9 กันยายน 2545 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จทรงเป็นประธานในพิธีเปิดอาคารทรัพยากรพันธุกรรมพืชสิรินธร

วัตถุประสงค์

»  เป็นศูนย์กลางในการรวบรวมอนุรักษ์แลกเปลี่ยนและให้บริการเชื้อพันธุกรรมพืช
»  สนับสนุนและเสริมสร้างศักยภาพในการวิจัยและพัฒนาพันธุ์พืชของกรมวิชาการเกษตร
»  เป็นห้องปฏิบัติการกลางด้านเทคโนโลยีชีวภาพของกรมวิชาการเกษตร
»  เป็นศูนย์กลางให้บริการข้อมูลด้านเทคโนโลยีสารสนเทศชีวภาพ

          กรมวิชาการเกษตรได้มอบหมายให้สำนักวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพและนิวเคลียร์เทคนิค เข้าดำเนินการดูแลรับผิดชอบอาคารทรัพยากรพันธุกรรมพืชสิรินธร ซึ่งเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น สูงประมาณ 17 เมตร มีห้องที่สำคัญดังนี้

ชั้นที่ 1 เป็นส่วนของธนาคารเชื้อพันธุ์พืช ประกอบด้วย ห้องพักเมล็ดพันธุ์ชั่วคราว ห้องปฏิบัติการเมล็ดพันธุ์ ห้องลดความชื้น ห้องบรรจุเมล็ดพันธุ์ ห้องควบคุมระบบจัดเก็บ ห้องอนุรักษ์เมล็ดเชื้อพันธุ์พืชแบบระยะเวลาปานกลางและระยะยาว ลานตากเมล็ดพันธุ์

ชั้นที่ 2 เป็นส่วนของห้องปฏิบัติการกลางด้านจีโนมพืชและจุลินทรีย์ ประกอบด้วย ห้องปฏิบัติการดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ ห้องปฏิบัติการโปรตีน ห้อง Microaaray ห้องตรวจวิเคราะห์ GMOs

ชั้นที่ 3 เป็นส่วนของห้องปฏิบัติการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อและลายพิมพ์ดีเอ็นเอ ประกอบด้วย ห้องปฏิบัติการกลางเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ ห้องปฏิบัติการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเพื่อการอนุรักษ์ ห้องปฏิบัติการลายพิมพ์ดีเอ็นเอ

ชั้นที่ 4 เป็นส่วนของเทคโนโลยีสารสนเทศ ประกอบด้วยห้องคอมพิวเตอร์หลัก ห้องข้อมูลปฏิบัติการ ห้องประชุม ห้องควบคุมโสตทัศนูปกรณ์ ห้องสมุด