สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ.2498 ในนามว่า กองวิศวกรรม สังกัดกรมการข้าว กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยมีบทบาทหน้าที่สำคัญในการวิจัย พัฒนา ส่่งเสริมและสนับสนุนให้เกษตรกรได้มีเครื่องมือเครื่องจักรกลที่เหมาะสมใช้ในการเพิ่มประสิทธิภาพการทำนา

         พ.ศ.2515 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ปรับปรุงโครงสร้างภายในกระทรวง โดยรวมกรมการข้าวกับกรมกสิกรรม เป็นกรมวิชา การเกษตร และกองวิศวกรรมได้เปลี่ยนชื่อเป็นกองเกษตรวิศวกรรม โดยมีหน้าที่สำคัญในการวิจัย ค้นคว้า และพัฒนาเครื่องจักรกลเกษตรที่เหมาะสมกับการผลิตพืชเศรษฐกิจต่างๆ เช่น ข้าว ข้าวโพด ถั่วเหลือง และอื่นๆ เป็นต้น นอกจากงานวิจัยแล้ว กองเกษตรวิศวกรรม ยังมีหน้าที่ให้การสนับสนุนด้านวิชาการแก่ผู้ผลิตในการปรับปรุงคุณภาพ และมาตรฐานการผลิตเครื่องจักรกลเกษตรด้วย จนกระทั่งปี พ.ศ.2546 กองเกษตรวิศวกรรมได้เปลี่ยนชื่อเป็น สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรมจนถึงปัจจุบัน โดยยังคงบทบาทและหน้าที่เหมือน เดิมทุกประการ