ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมจันทบุรี จัดตั้ง เมื่อปี พ.ศ.2552 จากการปรับโครงสร้างภายในหน่วยงานของสถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม โดยการยุบรวมเจ้าหน้าที่จากศูนย์ปฏิบัติการเกษตรวิศวกรรมปทุมธานีและศูนย์ปฏิบัติการเกษตรวิศวกรรมนครสวรรค์  และรับโอนย้ายเจ้าหน้าที่บางส่วนจากกลุ่มวิจัยวิศวกรรมผลิตพืช กลุ่มวิจัยวิศวกรรมหลังการเก็บเกี่ยวและกลุ่มพัฒนาพื้นที่เกษตร  โดยมีโครงสร้างเริ่มต้นคือ ผู้อำนวยการ, วิศวกร 3 ตำแหน่ง, ธุรการ 1 ตำแหน่ง และ ลูกจ้างประจำ 4 ตำแหน่ง จัดตั้งในพื้นที่ของสถานีทดลองยางโป่งแรด 27 ม. 1 ต.พลับพลา อ.เมือง จ.จันทบุรี โดยมีภารกิจหลักคือ วิจัยและพัฒนาเครื่องจักรกลเกษตรก่อนและหลังการเก็บเกี่ยว สำหรับพืชสวนและพืชไร่ และภารกิจงานกองทุนหมุนเวียนยางพารา โดยมีพื้นที่เป้าหมายหลักคือ พื้นที่ในภาคตะวันออก จำนวน 7 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดจันทบุรี ระยอง ตราด ชลบุรี ฉะเชิงเทรา ปราจีนบุรี และสระแก้ว
                 ปัจจุบัน มีบุคคลากรทั้งหมด 35 ท่าน เป็น ผู้อำนวยการศูนย์ฯ, วิศวกรการเกษตร 6 ตำแหน่ง, นายช่างเครื่องกล 4 ตำแหน่ง, นายช่างไฟฟ้า 1 ตำแหน่ง, เจ้าพนักงานธุรการ 2 ตำแหน่ง, ลูกจ้างประจำ 4 ตำแหน่ง, พนักงานราชการ 9 ตำแหน่ง, จ้างเหมาบริการ 1 ตำแหน่ง และลูกจ้างชั่วคราวรายวัน 7 ตำแหน่ง