สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม แบ่งหน่วยงานภายใน ดังนี้

กลุ่มวิจัย
        • กลุ่มวิจัยวิศวกรรมผลิตพืช
            • มีหน้าที่รับผิดชอบ ศึกษา วิเคราะห์ หรือวิจัย เพื่อวางแผนการใช้และการวิจัยและพัฒนาเครื่องมือเครื่องจักรกลเกษตรที่ใช้ในการผลิตพืช (เครื่องมือเตรียมดิน ปลูก กำจัดวัชพืช บำรุงรักษา เก็บเกี่ยวและนวด ขนย้าย ฯลฯ) ทดสอบ ปรับปรุง ดัดแปลง พัฒนาประสิทธิภาพของเครื่องจักรกลเกษตรให้เหมาะสมกับการใช้งานและการผลิต รวมทั้งให้คำแนะนำและปรึกษาด้านวิชาการผลิตเครื่องจักรกลเกษตรแก่ภาคเอกชน
        • กลุ่มวิจัยวิศวกรรมหลังการเก็บเกี่ยว
            • มีหน้าที่รับผิดชอบงานวิจัยและพัฒนาเครื่องมือ เครื่องจักรกล และวิธีการด้านวิศวกรรมในการเก็บรักษาและการแปรรูปผลผลิตเกษตร
        • กลุ่มบริหารโครงวิจัย
            • มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดทำแผนปฏิบัติงาน แผนงาน และงบประมาณเกี่ยวกับงานวิจัย ติดตามประเมินผล รวบรวมข้อมูลและผลงานวิจัย ประสานงานการจัดฝึกอบรม ประชุมสัมมนาทางวิชาการ
ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรม

              ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรม มีหน้าที่รับผิดชอบในการวิจัยทั้งด้านวิศวกรรมผลิตพืชและวิศวกรรมหลังการเก็บเกี่ยวให้เหมาะสมกับพื้นที่และถ่ายทอดเทคโนโลยีให้แก่เจ้าหน้าที่หน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องกับการเกษตรและกลุ่มเกษตรกร โดยศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรม (ศวศ.) แบ่งเป็น 4 ศูนย์ คือ

        1. ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมเชียงใหม่          รับผิดชอบพื้นที่ภาคเหนือ
        2. ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมขอนแก่น          รับผิดชอบพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
        3. ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมจันทบุรี              รับผิดชอบพื้นที่ภาคตะวันออก
        4. ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมสุราษฎร์ธานี     รับผิดชอบพื้นที่ภาคใต้
กลุ่ม/ฝ่าย สนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานและบริการงานช่างแก่ส่วนราชการ ในกรมวิชาการเกษตร
        1. ฝ่ายบริหารทั่วไป
                     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานสารบรรณ งานพัสดุ งานบุคคล งานธุรการทั่วไป และติดต่อประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในและต่างประเทศ
        2. กลุ่มพัฒนาพื้นที่เกษตร
                     มีหน้าที่ปรับปรุงพื้นที่ของส่วนราชการต่าง ๆ ของกรมวิชาการเกษตร ซึ่งได้แก่ การสำรวจ ทำรายละเอียดแผนที่ขอบเขต แผนที่ระดับ และแผนที่เฉพาะงาน จัดทำแผนหลัก (Master Plan) ออกแบบ เขียนแบบ คำนวณราคา ควบคุมการก่อสร้างอาคาร ถนน ดำเนินการใช้เครื่องจักรกลหนักบุกเบิกพื้นที่เพื่อจัดสร้างถนน แหล่งน้ำ ปรับพื้นที่และจัดรูปแปลงทดลองปลูกพืชให้เหมาะสมแต่ละพืชพร้อมทั้งดำเนินการวิจัยด้วยเกษตรชลประทาน ได้แก่ การสำรวจและออกแบบระบบ การใช้น้ำ ส่งน้ำ ระบายน้ำ และระบบการป้องกันน้ำท่วมพื้นที่
        3. กลุ่มสร้างและผลิต
                      มีหน้าที่ สร้าง ประกอบ ดัดแปลงเครื่องจักรกลเกษตรรวมทั้งออกแบบอุปกรณ์ที่ใช้ในการผลิตเครื่องจักรกลเกษตร และให้การสนับสนุนการสร้างชิ้นส่วน อุปกรณ์ และเครื่องมือต่าง ๆ ที่จำเป็นในการวิจัยของหน่วยราชการในกรมวิชาการเกษตรและภาคเอกชน
        4. กลุ่มซ่อมบำรุงรักษา
                     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับตรวจสอบและซ่อมบำรุงรักษา ยานพาหนะ เครื่องจักรกลเกษตร ระบบไฟฟ้าและอิเล็กทรอนิกส์ อุปกรณ์เครื่องมือเครื่องใช้ต่าง ๆ เพื่อสนับสนุนงานวิจัยแก่หน่วยงานต่าง ๆ ในกรมวิชาการเกษตร เป็นศูนย์กลางในการให้บริการขนส่งวัสดุภัณฑ์ เครื่องจักรกล ปุ๋ย ให้แก่หน่วยงานต่าง ๆ

โครงสร้างการบริหารงาน