ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรม มีหน้าที่ศึกษา วิจัยและพัฒนาด้านวิศวกรรมการเกษตร และเครื่องจักรกลการเกษตร ตามแผนงานและโครงการของสถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม ทดสอบ เครื่องจักรกลการเกษตรและนวัตกรรมเกษตรสมัยใหม่ และงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมายจากผู้บังคับบัญชา แบ่งงานภายในเป็น 1 ฝ่าย 1 กลุ่ม
(๑) ฝ่ายบริหารทั่วไป มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับ งานสารบรรณ งานแผนงาน และงบประมาณ งานการเงินบัญชีและพัสดุ งานบุคคล และงานธุรการทั่วไป
(๒) กลุ่มวิจัย มีหน้าที่
๑) ศึกษา วิจัยและพัฒนาด้านวิศวกรรมการเกษตร รวมทั้งทดสอบ เครื่องจักรกลการเกษตร และนวัตกรรมเกษตรสมัยใหม่ ให้คำปรึกษางานบริการวิชาการ งานบริการด้านช่าง ตลอดจนประสานงานและร่วมดำเนินงานเกี่ยวกับงานวิจัยกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
๒) บริหารจัดการเครื่องจักรกลการเกษตรเพื่อสนับสนุนและอำนวยความสะดวกแก่ผู้รับบริการ