ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมขอนแก่น จัดตั้ง เมื่อปี พ.ศ.2552 จากการปรับโครงสร้างภายในหน่วยงานของสถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม โดยย้ายมาจาก ศูนย์ปฏิบัติการเกษตรวิศวกรรมเขต 5 จังหวัดขอนแก่น จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ.2534 จากนั้นเปลี่ยนเป็นศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมขอนแก่น เมื่อปี พ.ศ.2552 โดยมีนาย อนุสร เวชสิทธิ์ เป็นผู้อำนวยการคนแรก จัดตั้งในพื้นที่ที่ตั้งเลขที่ 320 หมู่ 12 ถนนมะลิวัลย์ ตำบลบ้านทุ่ม อำเภอเมืองขอนแก่น ขอนแก่น โดยปัจจุบันมีนายเวียง อากรชี เป็นผู้อำนวยการศูนย์ ภารกิจหลักคือ วิจัยและพัฒนาเครื่องจักรกลเกษตรก่อนและหลังการเก็บเกี่ยว สำหรับพืชสวนและพืชไร่ ในพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ