ศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรม มีหน้าที่รับผิดชอบในการวิจัยทั้งด้านวิศวกรรมผลิตพืชและวิศวกรรมหลังการเก็บเกี่ยว การทดสอบเครื่องจักรกลเกษตร ให้เหมาะสมกับพื้นที่และถ่ายทอดเทคโนโลยีให้แก่เจ้าหน้าที่หน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องกับการเกษตรและกลุ่มเกษตรกร โดยศูนย์วิจัยเกษตรวิศวกรรมขอนแก่น รับผิดชอบพื้นที่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
