ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรจันทบุรี เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 6 กรมวิชาการเกษตร เริ่มดำเนินการเมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2522 โดยกรมวิชาการเกษตรได้ขอที่ราชพัสดุจากกรมธนารักษ์ จำนวน 2,344 ไร่ (ที่ของจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์) ต่อมาได้รับความอนุเคราะห์จากนายเผียน อยู่รอด (อดีตนายอำเภอมะขาม) มอบพื้นที่ให้ อีก 30 ไร่ รวมเป็นพื้นที่ดำเนินการทั้งสิ้น 2,374 ไร่ ในระยะแรกดำเนินการในลักษณะของแปลงเพราะ และขยายพันธุ์ยาง จนกระทั่งปี 2528 จึงได้รับงบประมาณให้ก่อตั้งเป็นสถานีทดลองยางทุ่งเพล ต่อมาในปี 2536 ได้เปลี่ยนชื่อจากสถานีทดลองยางทุ่งเพลเป็นสถานีทดลองยางจันทบุรี ในปี 2544 ได้ดำเนินการรังวัดพื้นที่ใช้ประโยชน์ใหม่ ได้พื้นที่ทั้งสิ้นในปัจจุบัน จำนวน 2,591 ไร่ 2 งาน 31 ตารางวา ต่อมาในปีงบประมาณ 2546 กรมวิชาการเกษตร ได้ปรับโครงสร้างใหม่จึงเปลี่ยนชื่อเป็นศูนย์บริการด้านพื้นและปัจจัยการผลิตจันทบุรี และในปี 2550 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรจันทบุรีจนถึงปัจจุบัน
ทำเนียบผู้บริหาร
- นายอรัญ แจ้งชัด มิถุนายน พ.ศ. 2522 – กันยายน 2542
- นายสุรเดช ปัจฉิมกุล ตุลาคม 2542 – ธันวาคม 2544
- นายสมบัติ พิงกุศล ธันวาคม 2544 – มิถุนายน 2550
- นายสุวิทย์ กลัดอินทร์ มิถุนายน 2550 – มีนาคม 2557
- นายพินิจ เขียวพุ่มพวง มีนาคม 2557 – ตุลาคม 2558
- นายชลธี นุ่มหนู ตุลาคม 2558 – เมษายน 2562
- นางเอื้อมพร สุทธิอาภาพงศ์ เมษายน 2562 – มีนาคม 2563 (รักษาการณ์ในตำแหน่ง)
- นายพินิจ กัลยาศิลปิน มีนาคม 2563 – ปัจจุบัน